通过调查巨噬细胞吞噬和消灭细菌的机制，Cox将研究焦点放到了帕金森病和结核病共同的一个元件：Parkin酶上。从某种意义上说，巨噬细胞是通过科学家们称之为异体吞噬(xenophagy)的过程吞噬外源细菌。

　　结核分枝杆菌以及包括沙门氏菌和麻风分枝杆菌在内一些细菌类型，与其他类型细菌的不同之处在于：像病毒一样，它们需要进入到细胞中才能成功发动感染。

　　巨噬细胞与结核分枝杆菌之间的斗争可能尤其激烈。结核分枝杆菌入侵巨噬细胞，随后吞入到巨噬细胞的囊泡中。细菌往往通过分泌一种蛋白分解囊泡逃出这一胞内监牢，却不料再度被由泛素(ubiquitin)蛋白构成的分子链盯上。此前，Cox发现一些分子将这些被链锁住的分枝杆菌护送到了细胞内的溶酶体中更安全地监禁它们，在那里细菌遭到破坏。

　　从面包酵母到人类这些复杂性极其不同的非细菌生物体，它们的细胞也使用了一种相似的方式——自噬来处理自身不需要的分子或是耗损的细胞组件。在这些组件中最丰富且最至关重要的是细胞线粒体，这一代谢发电所可将食物分子转化为细胞能够轻易利用的能源，确保它能够完成日常工作及更特异的功能。