饶毅在全职回国前，就多次对中国的教育科技问题提出直言不讳的批评，在国内形成了一定的影响力。在施一公回国后，两人开始联合发表文章，直陈中国教育科技领域中存在的问题，并提出了诸多建议。

　　在这篇发表于《科学》的社论中，两位作者表示，虽然我国的研究经费以每年超过20%的比例增加，但“研究经费分配的严重问题却减缓了中国潜在的创新步伐”。

　　作者认为，问题主要存在于政府各部门的大型项目上。这些项目的经费从几亿元到几十亿元人民币，但学术优劣与能否获得经费的相关性相对而言较小，“关键问题在于每年针对特定研究领域和项目颁发的申请指南。表面上，这些指南的目的是勾画‘国家重大需求’；然而，项目的申请指南却常常被具体而狭隘地描述，人们基本上可以毫无悬念地意识到这些‘需求’并非国家真正所需，经费预定给谁基本一目了然”。

　　文章还揭露了一个中国科技界的“潜规则”：“每个人都很清楚：与个别官员和少数强势科学家搞好关系才最重要，因为他们主宰了经费申请指南制定的全过程。”