与常规的SPE方法相比，MAS法有很多的优点，尤其在药物代谢分析领域中血浆样品一般都采用直接蛋白沉淀法和常规SPE法来进行样品前处理，其中蛋白直接沉淀更多的偏重于血浆样品中大分子蛋白的去除，与其相较，SPE可以更好的去除小分子蛋白
图1是比较了蛋白直接沉淀，常规SPE及MAS方法处理过的牛血清空白样品的色谱图，由图中可以看出，常规SPE处理过的血清样品色谱图2.5分钟前的杂质峰更少，而在2.5分钟后却又有两个明显的色谱干扰峰。正是证明了SPE对于大分子物质去除的更好，而对于某些小分子蛋白却无法彻底的清除。