诊断性质谱分析仪的原理
典型的质谱分析仪包括一个离子源、一台测量离子分析物质荷比(m/z)的质谱仪、及一个记录每m/z值中离子数量的探测器。目前有两种利用MALDI/SELDI-TOF MS发现标志物的方法。一种方法利用的是患病标本和对照标本之间MS谱的差异来生成一个诊断模型。这种方法的一个变异是挑选几个明显有差别的峰点，并且确定这些蛋白质/肽段的峰点性质。诊断是基于多重免疫MS或者ELISA的。另一种方法是通过酶法（通常是胰蛋白酶）把蛋白降解成肽段，通过技术来分离这些肽段，例如高效液相色谱法(HPLC)，并且将洗提的部分加入到一个离子源（电喷射离子化(ESI)或者MALDI）中，在这里这些部分转化为离子，然后进入到通过各种方法来识别组成质谱的蛋白质片段和母蛋白的质谱仪中。
质谱测量是在离子化成分的气相中进行的。将蛋白质或肽段挥发并且离子化的两种常见技术是ESI和MALDI。后者也可能是SELDI(Ciphergen，蛋白芯片)。质谱仪根据其质荷比(m/z)将离子成分分离。在蛋白组研究领域中四种基本的质谱仪是：离子阱、时间飞行(TOF)、四级杆和傅里叶变换离子回旋共振(FT-ICR)，第五种可能的类型是新的轨道阱(Orbitrap)质谱分析仪。这些基本的类型可能在混合仪器中有不同的组合。
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