卫生部副部长马晓伟指出，造成这些问题的原因比较复杂，既有以药养医的机制问题、合理用药管理体系和监管能力问题、医务人员合理用药的能力和水平问题，也有公众合理用药意识的培养问题。这些问题需要综合治理。
为了配合“抗菌药物应用专项治理行动”，卫生部将尽快起草并下发《医疗机构抗菌药物管理办法》，进一步明确医疗机构抗菌药物合理使用的责任人，明确抗菌药物分级管理、处方点评等相关制度，并从几方面入手，加强医疗机构抗菌药物管理：
一是通过限制医师特殊使用类抗菌药物处方权的获得，加强医疗机构高级别抗菌药物临床使用的管理；二是通过加大对开具不合理抗菌药物医师的处理力度和抗菌药物处方权限制，严格控制抗菌药物的不合理使用；三是将医疗机构抗菌药物合理使用管理与临床重点专科和医院等级评审工作结合，对于抗菌药物管理和使用存在严重问题的医疗机构，要一票否决；四是通过对医疗机构和医务人员抗菌药物使用量、使用率和使用强度情况进行排名和公示，引入社会监督机制，督促医疗机构和医务人员不断提高抗菌药物合理应用水平。