为此，该实施计划要求，“十二五”期间我国水务工作应遵循国务院批复的水专项实施计划，按流域系统设计具体实施方案，突出重点流域治理;坚持构建两大技术体系的总体目标;以改善水质、保障饮用水安全为重点任务;有效衔接国家和地方治污规划，促进水务领域节能减排工作稳定开展;同时，在质量第一的前提下稳步推进水行业机制体制创新。
在这一思想的指导下，未来我国水务领域工作思路也发生了显著变化。相比 “十一五”水专项实施计划，“十二五”更加强化地方政府作用的发挥，强化流域系统设计，强化沟通协调、联动机制，强化水专项“十二五”承上启下的作用，强化攻关重点，强化平台、基地建设和人才培养，强化扶植培育环保产业。
据环境保护部相关负责人介绍，“十二五”期间，我国水专项拟立项 36个项目，总经费预算122.8亿元，其中中央财政预算51.5亿元，地方财政、企业投入及其他71亿元，包括太湖流域9.9亿元、辽河流域4.35亿元、滇池流域3.40亿元、松花江流域2.45亿元、其他典型流域14.2亿元。