课题组利用二代和三代测序相结合的方法测序并组装了海湾扇贝两个亚种的基因组，其中北部亚种获得253.17Gb原始数据，组装出835.7Mb的基因组，占海湾扇贝北部亚种估计基因组大小996.07的83.9%，其contig N50和scaffold N50分别为78.54kb 和1.53Mb，预测的蛋白编码基因数量为26777个。同时，获得南部亚种测序数据 272.97Gb，组装出的基因组大小为874.82Mb，占南部亚种估计基因组大小974.30的89.79%，其contig N50和scaffold N50分别为63.73kb和1.25Mb，预测的蛋白编码基因数为 25979个。系统进化分析显示，海湾扇贝两个亚种先聚为一支，然后与虾夷扇贝聚为一支，再与其他双壳类聚为一支，然后再与腹足纲物种聚类。两个海湾扇贝亚种的分歧时间为2640万年前，与虾夷扇贝的分歧时间为8590万年前。