1942年12月2日，阿贡的第一位诺贝尔奖获得者美国科学家费米（Enrico Fermi）和约50名同事，在芝加哥大学成功启动了世界上第一次自持式核反应堆的临界试验。不久，该反应堆经改建后作为反应堆控制材料试验研究和核物理研究使用的研究堆。当时的阿贡还只是芝加哥大学冶金实验室战时工作的一部分。

　　几个月之后，该反应堆移至位于美国伊利诺伊州东北部库克县的阿贡森林保护区。后来，反应堆附近渐渐成长起来的小实验室开始以“阿贡实验室”的名字为外界所知晓。

　　1946年7月1日，曼哈顿工程所属的冶金实验室正式更名为阿贡国家实验室，曾经在这里启动世界上第一台重水慢核反应堆的核心人物、曼哈顿计划的老将、美国物理学家沃尔特·津恩（Walter Zinn）当选第一任主管。

　　二战后，阿贡开始接受开发和平利用原子反应堆的任务。1948年4月22日，Walter Zinn向原子能委员会（AEC）提出建立全国性核反应堆试验场的建议。这一建议后来被称为直接促成了今天爱达荷国家实验室的前身——美国国家核反应堆试验站的建立。随后，阿贡与美国西屋公司签订技术合作协议共同开发商用核电，阿贡拉开了与商业企业合作的帷幕。