由于新细则对乳品企业提出了很多的要求，致使获新许可证难度加大，企业要确保对产品从原料采购到最终产品及产品销售所有环节都可有效追溯和召回。

　　
乳业专家宋亮认为，对于有自控或可控奶源的企业来说建立可追溯体系并不难，有2/3的企业都能建立起追溯体系，尤其是原料在国内的企业。但对于原料是国外进口的企业来说，建立这个体系比较难。如果采购的原料是国外的大品牌大企业，追溯起来很容易，如果是小企业追溯起来就很难，追溯到某一头牛就更难。因此对于1/3不能建立追溯体系的企业来说，不具备获得新许可证的资格。“目前国内生产企业自控奶源比例都比较低，很多中小企业从奶农那里收购原奶，根本就控制不了。如果一定达到标准，那控制成本会很高。”宋亮说。

　　
君乐宝乳业公共事务部负责人冯进茂接受记者采访时表示，君乐宝婴幼儿奶粉生产厂是去年收购的石家庄太行乳业有限公司，为了达到新许可证标准，公司投入了1亿元进行全面技改，整改成本非常高。