而后，肖传国以“昏教授”的身份在网上发帖指出方舟子在2001年10月4日的《南方周末》上发表的文章《科学地解决道德难题？》，涉嫌抄袭美国《科学》杂志格林等人的论文《道德困境的功能磁共振成像研究》。肖传国曾多次以“昏教授”的身份在网络上发帖，质疑方舟子打假的严谨性，同时向《科学》杂志举报方舟子抄袭该刊文章。

　　对此，方舟子曾解释：“我的文章是引述当时国外先进的科学成果给国人看，早已注明出处，我只是按自己的表达方式将文章用中文进行表达罢了。”方舟子表示，2001年他确实遭到“剽窃《科学》杂志论文”的匿名控告，但随后的调查结果是他完全不存在剽窃论文的行为。“我后来才知道这是他干的，这件事情我早就写文章澄清，肖传国之前便一直通过这件事诋毁我，至今依旧翻旧账，毫无新意。”

　　自此，本不相干的方舟子和“昏教授”被拉到了两个对立面上。

　　随后的几年中，双方曾“和平”了一段时间。几年间，肖传国研究出了“肖氏反射弧”，肖氏手术在美国开展临床试验，成为肖传国事业上的一个亮点。方舟子“打假斗士”的形象也渐入人心。据《东莞时报》报道，方舟子直到2005年才知道当年的“昏教授”就是肖传国。