拉尔森本人在接受媒体采访时也表示，只有同时满足3个条件，耐药基因才令人担忧：一是具有耐药基因的耐药菌在空气中具有活性，二是这些细菌具有致病性，三是空气中这些细菌的密度足够高。
孙宗科表示，耐药菌一直存在于空气、水和土壤中，与雾霾没有必然因果关系，也就是说，并非因雾霾才导致耐药菌的出现。对于公众关心的耐药菌与个人健康的关系，孙宗科表示，与个人健康有关的是致病菌，当致病菌具有耐药性时才需加以关注，而空气中存在的细菌多为非致病菌。
样本来源不同，研究结果无可比性
公众关心的另一个问题是，媒体称，该研究表明，相比他国样本，北京雾霾中含有“最多种类的耐药基因”，且是唯一“含有碳青霉烯类抗生素耐药性基因”的样本。孙宗科表示，要搞清楚这一系列问题，首先要厘清耐药基因、耐药菌以及抗生素之间的关系。按照是否能够产生抗生素，自然界中的微生物可分为两类：一类产生抗生素（主要是放线菌和链霉菌），另一类不能产生抗生素（大多数细菌属于此类），这两类微生物常常相伴而生，前者由于能够产生抗生素而具备杀灭其他细菌的能力并获得生存优势，不产生抗生素的细菌（耐药菌）则需要获得抵抗抗生素的能力，也就是获得耐药基因，来达到种族延续的目的。人类正是观察到了这两类微生物间天然存在的“矛盾”并加以利用，才“发现”了抗生素。近些年，随着分子生物学的发展，出现了人工合成的抗生素。“研究发现，3万年前冰河时期的冻土中检测出耐药基因，因此抗生素与细菌耐药（具有耐药基因）是自然界中长期存在的生物现象。”
此外，孙宗科表示，文章之所以得出北京雾霾中唯一“含有碳青霉烯类抗生素耐药性基因”的结论，与该研究的取样有关。“该研究中只有北京的样本是采自空气，而其他国家的样本来自生物、水和土壤，因此研究结果没有可比性。”孙宗科说，对碳青霉烯类抗生素天然耐药的细菌（如嗜麦芽寡养单胞菌）一直在自然环境中存在，可在空气中经常检测到，与雾霾间无必然的因果关系。