中科院长期坚持探索科教结合的体制与机制，与不同类型大学开展了多种形式的合作。如中科院与北京大学、清华大学通过合作共建法人研究机构的形式成立了“国家纳米科学中心”，中科院化学研究所与北京大学化学学院通过强强联合共同组建了“北京分子科学国家实验室”，中科院国家天文台发挥平台和项目优势与北京大学天文系共建了“天体物理中心”，中科院数学与系统科学研究院和北京航空航天大学联合举办了“华罗庚数学班”，目的就是加强中科院与高校在新兴交叉前沿领域的合作研究，加强双方高层次人才的互动，加强重大科技基础设施的开放共享。近年来，中科院每年接受全国高校大学生、研究生来研究所做科研实习、毕业论文、暑期研修5000余人，高校人员在研究所担任兼职教师600多人，院属单位科技人员到高校授课、讲学约700人。

　　中科院坚持“全院办校、所系结合”的办学方针，形成了以中国科学技术大学和中国科学院研究生院为核心、以研究所为基础、以研究生为主体的教育体系，树立起“在科技创新实践中培养一流创新人才”的人才培养理念，创造出一系列科教结合培养创新人才的新模式。如中科院数学与系统科学研究院和中科院研究生院共建研究生院数学学院，通过领导互任、教师互聘、教学同担和科研共享，实现了数学学科的“全程设计、分段实施、学以致用、贯穿到底”，不仅体现了具有中科院研究生培养特色的“两段式”教学模式，充分利用科研、教育资源，而且有利于教育体制的创新。