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脉冲场凝胶电泳实验——倒转电场

2019.3.25

脉冲场凝胶电泳是在两个不同方向的电场周期性交替进行的,可分离长至5Mb的DNA分子,其工作原理是DNA分子在交替变换方向的电场中作出反应所需的时间取决于它的大小。较小的分子重新定向较快,因而在凝胶中移动也较快,于是不同大小的分子被成功分离。


实验材料

DNA

试剂、试剂盒

GTBETBE琼脂糖

仪器、耗材

电泳仪

实验步骤

1.  制备用于水平电泳的1%琼脂糖凝胶,放入电泳装置,其上覆盖以2~3 mm 的GTBE或TBE缓冲液。

 

2.  加入液体样品。装好蠕动泵用于电泳缓冲液循环。

3.  对于微型凝胶调整循环速度至5~10 ml/min 对于大型凝胶则用20~50 ml/min。

4.  将管端与凝胶槽中的再循环口相连,或直接放入缓冲液槽。

 

5.  将可编程的转换装置与恒压直流电源相连,然后将凝胶装置与转换装置相连(见下表),开始电泳直到溴酚蓝迁移1 cm,开启转换装置及蠕动泵。

 

6.  与标准的琼脂糖凝胶一样进行溴化乙锭染色及照相。经酸处理使DNA脱嘌呤后,凝胶可进行Southern杂交。


 

(1)这些公式假定使用0.5xTBE缓冲液;对于GTBE和TAE缓冲液,分离的片段将稍大,并且电泳速度分别要快约20%和30%。

 

(2)变量:T,温度(℃);V,电场通度(V/cm);A,琼脂糖百分浓度(对于脉冲场级琼脂糖乘以0.8);脉冲时间(对于倒转电场凝胶指反向时间,单位s);R,正向与反向电泳时问比率;θ,改向角度。

(3)倒转电场凝胶不能分离此范围以外的长度,变角度凝胶可以分离此范围以外的片段,且效果不是很好。


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