为探清全裸裸重唇鱼在不同水系间的分化程度，昆明动物研究所鱼类组研究人员运用分子生物学与形态度量学结合的方法，分析了来自怒江水系和伊洛瓦底江水系共96个个体的数据。结果证实全裸裸重唇鱼与高度特化等级的裂腹鱼类群有更近的亲缘关系，全裸裸重唇鱼还具有较高的遗传多样性，不同水系间的个体具有不同的特性，其87.3%的遗传变异发生在不同的水系间。因此，虽然不能把不同水系的个体完全区别开来，根据它们不同的特性，还是可以分出彼此。
研究人员认为，在高黎贡山东坡溪流中新发现的全裸裸重唇鱼可能正在经历物种分化的过程，建议把它列入高黎贡山国家自然保护区的重要保护物种，并以两大不同水系为依据分别加以优先保护，扩大保护区的范围，以涵盖全裸裸重唇鱼所有分布地区，加强全裸裸重唇鱼的野外生态学和繁殖生物学研究。