目前我国核电管理的主要机构及部门共有8个，包括国务院国家核电自主化工作领导小组、国家原子能机构、工业和信息化部、国家发改委、国家能源局、国家环保部以及中国电力企业联合会等。这些部门分别负责制定核电能源战略规划、项目建设审批、安全监管及行业自律等工作。对此，秦山第三核电有限公司工程师石琳认为，这种多部门、多环节、分散式的管理体制，致使我国的核电管理运行效率低下，显然不能适应我国核电快速发展的需要。完善管理体制，是目前我国核电发展面临的挑战之二。
此外，核电的快速发展，还导致了短期内核工业界人才稀缺及能力不足等问题。田佳树解释说：“这不仅包括高素质工程技术和工程管理人才稀缺，核设备制造能力、核岛建设安装能力以及研发设计能力的不足，也包括安全监管机构、人力和能力的不足。”人才不足，是我国核电发展面临的第三个挑战。
按照我国《核电中长期发展规划》的目标，到2020年我国的核电总装机量将超过法国及日本，接近美国，与我国总体经济发展水平相匹配。为达到这个目标，必须立即解决上述三个问题。对此田佳树建议，设立独立的核能技术发展组织体系；尽快完善我国核安全、辐射安全以及辐射环境监测的法律法规体系建设，建立核安全相关技术标准认可机制、管理办法及工作程序；建立相对独立和较为完整的核与辐射安全监管技术能力体系，提高监管人员数量并尽快掌握技术规范、技术审查及分析评价等核心技术；建立核电厂安全评价指标体系，提高核电工程公司的准入条件；建立全国联网的放射源监管系统及完善全国辐射环境监测网络体系。同时，建立公众参与和信息公开制度，提高公众的安全接受程度。