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冷冻电镜三维重构

2018.7.07

三维重构


做过TEM的小伙伴都知道,透射电镜得到的是二维投影图像,要得到三维的结构,就要通过一系列建模、变换,这个过程就是三维重构。上面提到的第3位诺奖得主Joachim Frank就是和他的合作者建立了非对称颗粒从二维投影到三维结构的方法(随机圆锥倾斜法),奠定了冷冻电镜单颗粒三维重构的基本原理,如图3(b)所示[3, 4]。随后,开发了SPIDER程序用于冷冻电镜结构分析,得到了广泛应用。目前,冷冻电镜领域广泛应用的三维重构软件是上面剑桥大学Richard Henderson老爷子实验室的Sjors Scheres博士(据说当时Sjors Scheres博士没有一篇NSC论文,但Richard Henderson教授仍独具慧眼将其引进到剑桥MRC分子生物学实验室)开发的RELLION。


然而,即便打通了任督二脉(上述3个关键流程),冷冻电镜并没有立即获得今天这样的爆红。这主要是因为(1)冷冻电镜的信噪比低,(2)图像摄取时漂移,使得可以获取的二维投影仍是模糊状态,因此仅能应用于有限的生物大分子单颗粒的结构解析,严重限制了其应用。直到2013年,加州大学旧金山分校(UCSF)的程亦凡教授等将直接电子探测器(DDD)用于记录冷冻电镜的单颗粒图像,大大提高了信噪比与分辨率,实现了近原子分辨率(3.3 Å)的膜蛋白结构的解析,才引起了业界的轰动,如图5所示。随后,冷冻电镜技术在生物大分子3D结构解析中无往不利,堪称屠龙宝刀。目前,美国NIH的Subramaniam实验室成功解析了谷氨酸脱氢酶的结构,分辨率达到了1.8 Å,创造了最高分辨率的世界纪录。

可见,正是3位诺奖科学家在各自领域内完成突破性的工作:Jacques Dubochet突破了冷冻技术的瓶颈,Joachim Frank在三维重构算法上做出了原创性贡献,Richard Henderson首次使用低电子剂量成像完成了生物大分子3D结构的解析并一直在理论上指导冷冻电镜技术的发展,最终形成了0到1的飞跃,铸造了冷冻电镜这一把屠龙宝刀,开创了结构生物学研究的新局面。上述3位科学家获得诺贝尔奖章可以说当之无愧!

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