但有一个大问题：几位作者采用的是偏性密码子的匹配性对物种的起源进行分析，甚至这篇论文作者给出的证据都是自相矛盾的。

　　什么是偏性密码子呢？

　　由于不同氨基酸对应的不同密码子的使用频率是不一定相同的，我们把氨基酸对应的各自密码子使用频次的不同叫做密码子使用偏性。由于不同种属生物的氨基酸偏爱的密码子是不一样的，甚至同一物种内，不同功能和不同保守程度的基因，它们的密码子使用偏性也是不一样的。因此，密码子偏性的差异的确与物种的进化相关。

　　而问题在于，比较密码子偏好是识别动物宿主的一种非常间接的方法。偏性密码子从物种分类角度使用的效果最好，如果想要分辨关系更加密切的物种之间的差异的话，往往就不起作用了。为什么是蛇？原因只是由于作者们没有将潜在可能比蛇更加值得怀疑的物种纳入他们的分析。