如何通过琼脂糖凝胶来鉴定质粒DNA的纯度
质粒DNA分子具有三种构型：共价闭合环开DNA（cccDNA,SC构型）、开环DNA（OC构型）和线性分子（L构型）.在细菌体内,质粒DNA是以负超螺旋构型存在的.在琼脂糖凝胶电泳中不同构型的的同一种质粒DNA,尽管分子量相同,但具有不同的电泳迁移率.其中跑在最前沿的是共价闭合DNA,其后依次是线性DNA和开环DNA,其原因是共价闭合的DNA其空间位阻最小,所以跑得最快.而开环DNA空间位阻最大,所以跑得最慢. 这些结论都是经得起实验考验的,我在做质粒的上有没有这个酶切位点鉴定的时候,我就会用原质粒和经过单酶切的质粒在同一块胶上进行电泳,看单酶切后的质粒是不是比原质粒跑得快从而鉴定出质粒有没有被切开.这个也分子生物学领域应用很广泛,PCR-RFLP方法就是基于这个原理进行限制性内切酶图谱方面的鉴定的.
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