呼吸科什么是ngs检测
做好相应技术和知识准备以后，就可以入行NGS检测了。
1、首先要解决的就是做什么的问题。
临床遗传疾病最常见的就是拷贝数变异（CNV）与点突变（SNV）。在以往，我们用Sanger测序检测SNV、用CMA做CNV检测。用Sanger方法测一个人的序列得好多年，好多好多万美金，NGS就便宜多了，现在WES也就几千块钱，所以用来替换Sanger做基因序列检测是最合适不过的。
CNV也是遗传病最常见的病因之一，往常用CMA染色体基因芯片的方法来检测，费用几千块。现在用NGS的方法也能做，成本在WES的基础上增加不多。所以可以考虑在WES检查的同时，把CNV-Seq一起检测了。免得分开检测成本更高。
对于刚入门处于学习阶段的同行来说，检测SNV+CNV就够了，分析结果越多越容易乱。先熟悉重点问题，搞清楚NGS的适应性和局限性。等日后经验丰富了，再进一步添加其他如LOH、结构异常等检测分析也不迟。
2、接着就是拿什么来做的问题。
a、选择什么样的SNV检测方案。
现在常见的有wgs、wes和panal的不同方案。WGS-全基因测序，内容全面，但比较贵，关键是结果太多不好分析，先放一边。WES-全外显子测序，是针对所有基因的外显子进行测序，按国外文献的统计，95%的已知遗传病病因都集中在外显子上。因为外显子就占了全基因组的1%，所以测序量比WGS要低得多。检出率很高，成本又比NGS低得多，这个就是WES的优势。
全外显子检测20000个基因，但人类已知的致病基因其实也就几千个，所有还是有大部分测序浪费的。那是不是可以专门针对致病基因的外显子，和致病的非外显子区域一起检测呢？是不是性价比更高？只检查跟疾病相关的基因，这个就是医学外显子检测的概念，检出率比WES高，成本更低。不过因为遗传学的不断发展，明确的医学相关基因数也是越来越多，试剂盒包含的基因数从2000多、到3000多再到6000多，而且以后还会更多，所以医学外显子的试剂盒比较容易过时，以前做过的，以后有可能还得重做。
此外，还有一些针对特定疾病的panal（小组合），比如说把骨骼发育相关的基因凑到一起，设计一个试剂盒。这样做的好处是基因更少，所以特定基因和突变设计得会更全面，而且测序深度也会更高，换言之，检出率和准确率也会更高。
总体而言，临床能力越全面，眼光越准，选择针对性小组合的性价比越高。但疾病相关新基因的发现层出不穷，每月都有大把新基因、新功能被发现，使用的panal越小，日后再分析，发现致病原因的可能性就越低。这个就需要根据个人实际情况去取舍了。
对于新人来说，挑选合适的panal有点困难，毕竟能单独设计panal的都已经是大神级别的人物了，自己初来乍到的，看不出好坏。所以万事求稳，挑选一款大而全，用户数量多的WES一般来讲比较保险。至于用什么测序平台、哪个牌子的WES试剂盒等等问题就用不着头疼了。挑个可靠又能给你帮助的合作伙伴才是关键（后面会告诉你合作伙伴怎么选），他用啥你就用啥。等攒够了经验值以后，再来考虑挑哪个来用。
b、CNV用什么方案检测的问题。
CNV有WES CNV，也有CNV SEQ（WGS CNV）。直接说我的看法吧，WES CNV虽然和WES一起就做了，不需要增加额外检测成本，但是CNV的可靠性会更低，假阳性结果非常多，分析难度更高。毕竟WES检测的范围既集中、又非常不均匀；局部位置太窄，连续区域又太疏、隔得太远。在WES的基础上添加WGS CNV增加不多的成本，就可以得到稳定可靠的CNV SEQ结果。所以我个人认为，选择WES+CNV SEQ是性价比最高的。起步的时候分析WGS CNV就够了，日后技术熟悉了，再捞WES的CNV来看，起步工作和发展方向都有了。
特别说明一下，这里的WES+CNV SEQ不是说WES和WGS分别去检测，这样成本就高了；而是WES实验做到一半的时候，取建库后尚未进行下一步操作的产物去进行WGS的CNV SEQ测序，这样一个实验两用，成本最便宜，当然操作会麻烦一些。
3、然后是谁来做，如何安排检测流程，怎么分工的问题。
搞清楚了要做什么(wes+ngs seq)、拿什么来做(Wes或cwes)的问题，接下来进入今天的核心，技术流程和分工的问题。
先说结论，我个人推荐先找第三方全包检测、自己做好临床服务，再根据需求逐步涉足实验和分析过程。
一开始就全系列自己完成检测是否可行？不现实，除非能够收集齐实验、遗传、生信、临床的全套经验丰富的团队，否则要管理、控制、协调的环节太多，做不下来。
能否长期完全依赖第三方呢？也不能！临床的结论需要临床医务人员亲力亲为自己去根据临床信息、检测结果推导出来。第三方终究不直接接触病人，检测结果到最终报告之间差了一环。你见过检验科同事拿着血常规报告直接给病人下诊断治疗的吗？换成高级检验科也不行。
确定了携手合作，共同服务的模式之后，根据经验和分工的不同，可以分为以下几个阶段。
第一阶段：技能准备。遗传学基本技术和基本知识的准备阶段；
第二阶段：测序入门。了解NGS方案的异同，学习掌握NGS遗传咨询的特点；
第三阶段：分析进阶。掌握常用软件、文献检索，能结合临床出具临床报告；
第四阶段：挑战生信。熟悉各类生信软件、根据需求自由取用，能结合临床给出科研建议；
第五阶段：团队创新。能总结临床需求，自定义开发实验方法、数据算法，设计panal；
各个阶段的工作分工大致是下面的状态，向右的箭头“→→→”用来区分不同的团队。
阶段二，入门
合作流程：临床→→→遗传咨询+实验室+遗传咨询→→→临床；
阶段三，进阶
合作流程：临床+遗传咨询→→→实验室→→→遗传咨询+临床；
阶段四，生信
合作流程：临床+遗传咨询→→→测序+数据分析→→→临床生信分析+遗传咨询+临床；
阶段五，创新
服务流程：临床+遗传咨询+测序+数据分析+生信分析，大团队整合，想做什么就开发什么。
我们都知道，WES是个临床检测，意思就是说，如果不提供临床信息，WES实验做得再漂亮也是出不了报告的。这还不是最糟糕的，更坑爹的地方在于，即使临床信息给得不准，也能出来一份看上去特别像真的，但其实是错误的报告。比如一个健康成年大活人，你给他贴个新生儿死亡的标签，很可能就会检测到新生儿死亡相关的基因突变。
对于初学者，你敢说自己采集与描述的临床表型就是准确的吗？所以，在入门阶段，你要得不是一份报告，而是一个检验与遗传咨询团队。一个能教你怎么去搜集表型，需要采集哪些表型，采集到的表型怎么用标准化词汇表示，怎么去跟基因测序结果核对，怎么去跟病人解释的合作伙伴。当然，你也可以通过进修、通过发帖子请教、通过远程会诊等各种形式去学习，但毕竟谁都知道乙方不好当，能够自己当甲方让供应商直接手把手教你会有效得多。况且能够参与临床讨论对于甲方也是一件好事，谁不想自己的报告更准确，自己的团队水平更高啊。这件事对双方都是共赢，除非是不打算在遗传领域深耕的，都在应该能一拍即合。
不要去在意服务供应商跟你说的，服务有多好，背景有多强，就算是院士领衔，也不可能每次都找院士来教你怎么做体格检查吧？掂量一下你能够经常见得到人的，能实际得到的实实在在的指导和帮助是怎么样的，这个才是最实在的。
关于CNV检测，你需要找一家可靠的合作伙伴。
如果说SNV检测的关注点在于需要一个熟悉临床的咨询师来引导入门。那么CNV SEQ的关注点就在可靠性上面。不像CMA芯片在临床上的应用已经有很多年了，产品已经经受了时间的考验，能流传下来的芯片，随便哪款拿来就能用。CNV SEQ历史较短，具体的测序深度、算法流程也存在非常大的差异，所以可靠性差异很大。光凭直觉，我们也会猜到WGS的测序量越大，CNV的准确性就越高，但到底使用多少数据量能对应怎样的准确率还缺乏明确的标准。在商言商，尽可能使用更低的数据量达到更高的检出率自然是商家追求的目标，但是否影响结果的可靠性只有长期大量数据的积累和验证才知道。初始合作伙伴选择上，可以看看口碑、看既往案例；不要看广告做得怎么样、规模有多大、淘宝有刷单的，第三方也可以。多听听用户的意见，找那些做了很多年芯片又开了CNV SEQ的用户来问，交口称赞的总比名声臭大街的好。但是事物总是在变化的，技术发展非常快，很难说哪家机构就能一直独占鳌头、长久第一。个人觉得重点还是在于尽快学会自己分析，跳过这一环节，自己来把关才放心。
4、结果验证。
不论是SNV还是CNV，都是存在不少假阳性现象的，况且实验室质控再好，也难保不会出错。这个时候前面讲的准备工作中的验证方法就能用上了。等到验证得多了，临床经验丰富了，对于NGS哪些结果是可靠的，哪些是不靠谱的需要验证的就有了更深刻的体会，就不需要常常验证了。
总之，对于新手来说，选择一个具有临床遗传咨询能力、并且能够提供及时指导的供应商；在其帮助下完善自己的临床遗传咨询师培训，是非常有必要的，是开展NGS的最佳选择。等到医院的临床医生具备了遗传咨询能力，能够全面接手检测前和报告后的临床遗传咨询时，就可以考虑往下一阶段，接手实验室遗传咨询师的工作进发了；等自己的实验室遗传分析流程都建立好了、稳定了，检测报告才算真正靠谱了，NGS的价值也才算发挥出来了。如果一直只用第三方的检测报告，结果的可靠性终究要打折扣，毕竟他们缺少像医院那样位于临床一线亲身采集临床信息的机会。
