针对中国的科研经费管理存在的诸多弊端，2006年科技部和财政部出台了《关于改进和加强中央财政科技经费管理的若干意见》，进一步明确了中央财政科技经费投入的决策机制和结构。在此基础上，国家科技计划项目、各级政府科技管理部门、科研机构和高等院校均出台了相关科技经费管理办法。当然，有些学者认为管理办法并没有改变当前科研经费分配中存在的问题，这些制度设计并不能够改变人自身的问题。实际情况并非如此，同样存在于中国学术环境下的国家自然科学基金，就是制度设计保证公平、公正的典范。
基于上述分析，面向“组织—过程”管理问题，以提高政府科研经费管理绩效为目标，以制度设计和管理机制变革为手段，提出如下政策建议。
首先，整合建立国家科学基金委员会。国家科学基金委员会的建立可分步实施：第一步，将国家自然科学基金委员会和国家“863”计划、“973”计划、国家科技支撑、科技基础条件平台建设计划和重大专项等科技计划项目合并成立国家科学基金委员会，统筹管理中央科技计划项目和自然科学基金项目经费；第二步，将国务院其他部委管理的研究开发经费通过设立专项的形式，统一并入国家科学基金委员会，建立中央统一的科学基金管理体系。国家科学基金委员会是社会公益中介机构，主要负责国家财政科技项目的立项、评审和效果评价。