其中变化最大的是，《通告》中规定，自2015年起，各类项目申请经费分为直接费用和间接费用两部分，《2015年度国家自然科学基金项目指南》所列资助强度为直接费用与间接费用之和。申请人只需填报直接费用部分，间接费用及项目申请经费在申请书中自动生成。这是基金委首次就直接费用、间接费用的问题在年度《通告》中作出明确说明。
其中，直接费用包括设备费、材料费、测试化验加工费、燃料动力费、差旅费、会议费、国际合作与交流费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、劳务费、专家咨询费、其他支出；间接费用是指依托单位在组织实施项目过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用，主要包括依托单位为项目研究提供的现有仪器设备及房屋，水、电、气、暖消耗，有关管理费用的补助支出，以及绩效支出等。
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IAF于2015年1月正式发布《ISO9001:2015版转换实施指南》。IAF《ISO9001:2015版转换实施指南》明确了：IAF和CASCO已经达成一致意见，新版标准转换期限为：在ISO9001:2015版正式发布日后3年内转换完毕；并对正在使用ISO9001:2008的组织建议采取以下措施：