《办法》指出，生态补偿资金主要用于自然保护区的能力建设、巡护和监测、生态保护工程等方面。山东省环保厅会同各有关单位组织自然保护区绩效评估和考核。新批准设立的自然保护区从第二年开始参加考核。省财政厅、省环保厅结合当年预算情况和上一年度考核结果，确定上一年度各自然保护区生态补偿额度，并于当年省人民代表大会批准预算后30内正式下达。各市（直管县）收到省级生态补偿资金后，应于30日内拨付至自然保护区，并敦促尽快形成实际支出，原则上应当年支出完毕。
《办法》强调，各级财政、环保部门要加强对各自然保护区生态补偿资金使用情况的监督检查，确保使用合理规范，提高使用效益。生态补偿资金的使用，应自觉接受各级审计和监察部门的监督；对违纪违法行为，严格责任追究。