柱子质量比较好，理论上没有影响，如果柱子质量不好，可能会导致分离度下降、柱效降低。一般说来色谱柱不能反冲，只有生产者指明该柱可以反冲时，才可以反冲除去留在柱头的杂质。否则反冲会迅速降低柱效。
一般液相色谱柱是有方向的，通常情况下只能按照其规定流向通过流动相，尤其当色谱柱填充质量不高的时候。
比如实验室自制色谱柱、使用压力超高的色谱柱等。这类色谱柱的进口端一般会有一定的凹陷，如果反过来使用，会导致色谱柱填料的塌陷，产生柱效降低等后果。
但是如果制备良好的色谱柱，比如热电的色谱柱，在进了比较脏的样品后，可以反冲洗来冲出杂质。
