会议指出，水专项“十二五”总体目标是:突破水体“减负修复”关键技术，形成水环境“监控业务化运行”成套技术与管理示范，支撑示范流域水质明显改善。要重点突破面源污染控制、有毒有害污染物控制、水体生态修复和饮用水净化关键技术，突破示范流域水环境监控技术体系与开展业务化运行的关键技术，完善流域水环境监控与综合管理技术体系和水污染治理技术体系，确保示范流域污染物排放总量得到有效削减、水环境质量得到明显改善、饮用水安全得到有效保障，促进流域社会经济可持续发展。

　　会议强调，在组织实施中，要遵循国务院已批复的水专项总体实施方案，强化流域概念，突出流域的系统性、整体性，体现技术研发的前瞻性、先导性与实用性，坚持统筹兼顾，有所为有所不为，使“十二五”专项实施与“十一五”专项规划有机衔接，并为“十三五”突破流域水环境“综合调控”成套关键技术，建立国家水环境“监控预警平台”，保障我国流域水环境安全打下坚实基础。