DNA降解断裂法检测肿瘤细胞凋亡
实验方法原理 | 凋亡的DNA降解选择性发生在核小体间DNA,提取细胞总DNA或者选择性提取小分子量DNA后电泳可检查独特的核小体间片段DNA。 |
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实验材料 | 肿瘤细胞 |
试剂、试剂盒 | PBS 裂解缓冲液 苯酚 氯仿 异戊醇 乙醇 氯化钠 TE缓冲液 TAE TBE 琼脂糖凝胶电泳 磷酸-柠檬酸缓冲液 蛋白酶K R Nase酶 细胞消化液 EDTA |
仪器、耗材 | 离心机 紫外分光光度计 电泳仪 离心管 烧杯 玻璃棒 量筒 |
实验步骤 |
一、酚抽提法:先用蛋酶K、SDS破碎细胞,消化蛋白,然后用酚和酚-氯DNA大小为100-150kb。 二、甲酰胺解聚法:破碎细胞同上,然后用高浓度甲酰胺解聚蛋白质与DNA的结合,再透析获得DNA可得DNA200kb左右。 三、玻璃棒缠绕法:用盐酸胍裂解细胞,将裂解物铺于乙醇上,然后用带钩或U型玻璃棒在界面轻搅,DNA沉淀液绕于玻棒。生成DNA约80kb。 四、异丙醇沉淀法:基本同1法,仅用二倍容积异丙醇替代乙醇,可去除小分子RNA(在异丙醇中可溶状态) 五、表面活性剂快速制备法:用Triton X-100A或NP40表面活性剂破碎细胞,然后用蛋白酶K或酚去除蛋白,乙醇沉淀或透析。 六、加热法快速制备:加热96℃-100℃,五分钟,然后离心后取上清,可用于PCR反应。 七、碱变性快速制备:先用NaOH作用20分钟,再加HCI中和,离心后取上清,含少量DNA。
展开 |
注意事项 |
影响琼脂糖凝胶电泳DNA迁移率的因素:①DNA分子大小,DNA分子越大迁移速度越慢。②迁移率与琼脂糖浓度成反比。③DNA构象:a.相同分子量的超螺旋环状(Ⅰ型),切口环状(Ⅱ型),线状(Ⅲ型)DNA,以不同速率通过凝胶。b.一般情况下,迁移率Ⅰ型>Ⅲ型>Ⅱ型。④电压:迁移率与所加电压成正比,但是电压过大有效分离范围减小。⑤电场方向:单一方向速率均等,改变方向,极大分子DNA迁移更慢。通过脉冲电场凝胶电泳分离极大DNA。
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其他 |
通常与已知分子量的标准DNA片段一起电泳,经比较可获知DNA标本大小。如条带拖尾,系加入DNA量太多或凝胶未制好。若DNA分子量小或一片模糊,表明DNA有降解。
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