鲤鱼在我国有几千年的养殖历史，经过长时间的自然分化、人工选育，形成了形态多样、体色丰富、有鳞无鳞、对特殊环境具有较强适应性的多个地方种群和品种，使我国成为世界上鲤鱼种质资源和基因组资源最丰富的国家。据世界粮农组织统计，鲤鱼养殖产业全球年产量超过300万吨。鲤鱼还是目前我国培育出品种最多的水产养殖种，在以利用基因组资源改良动植物经济性状为特征的现代农业育种技术发展过程中，鲤鱼是我国最有条件利用基因组资源进行品种改良的水产养殖物种。从物种进化角度看，鲤鱼是已开展全基因组研究物种中全基因组复制事件最多的物种，而全基因组复制作为生物基因组进化的重要历史事件在现实物种的基因组中都留下重要证据。因此，鲤鱼全基因组测序结果不仅对鲤鱼基因组辅助育种研究，快速培育抗病、抗逆、优质、高产的优良品种提供重要基础，而且对鲤科鱼类物种进化和种类分化的阐明也具有重要价值。
鉴于鲤鱼基因组资源对鲤的育种研究和基础研究的重大意义，2009年底，中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所联合中国科学院北京基因组研究所启动了“鲤鱼基因组计划”，经过1年多的刻苦攻关，于今年4月底成功完成了包括基因组框架图、物理图谱和高密度连锁图谱在内的一系列成果。该成果的完成，将使鲤鱼全基因组序列的装配结果与物理图谱和高密度连锁图谱实现整合，初步形成鲤鱼基因组精细图谱，使经济性状的遗传图谱定位跨越到基因组图谱和功能基因的精确定位，标志着鲤鱼分子育种等相关研究正式进入基因组时代，将必然推动鲤鱼育种技术的全面进步。该成果还使人们有可能完整掌握经济性状形成的所有基因，如影响肉品质、影响肌间刺形成的基因，从而获得肉质好、肌间刺少的受欢迎的新品种。