PCR产物的T载体克隆
（一）重组T质粒的构建
一．原理
外源DNA与载体分子的连接就是DNA重组，这样重新组合的DNA叫做重组体或重组子。重组的
DNA分子是在DNA连接酶的作用下，有Mg2+、ATP存在的连接缓冲系统中，将分别经酶切的载体分子与外源DNA分子进行连接。DNA连接酶有两种：T4噬菌体DNA连接酶和大肠杆菌DNA连接酶。两种DNA连接酶都有将两个带有相同粘性末端的DNA分子连在一起的功能，而且
T4噬菌体DNA连接酶还有一种大肠杆菌DNA连接酶没有的特性，即能使两个平末端的双链DNA分子连接起来。但这种连接的效率比粘性末端的连接率低，一般可通过提高T4噬菌体DNA连接酶浓度或增加DNA浓度来提高平末端的连接效率。T4噬菌体DNA
连接酶催化DNA 连接反应分为3 步：首先，T4 DNA
连接酶与辅因子ATP形成酶-ATP复合物；然后，酶-ATP复合物再结合到具有5’磷酸基和3’羟基切口的DNA上，使DNA腺苷化；最后产生一个新的磷酸二酯键，把切口封起来。连接反应通常将两个不同大小的片断相连。因为DNA片断有两个端点，所以切割时出现两种可能，一种是单酶切，另一种是双酶切，这两种酶切方法在基因工程操作中都经常用到。对于单酶切来说，载体与供体的末端都相同，连接可以在任何末端之间进行，这样就导致了大量的自连接产物。为了减少自环的高本底，可对载体进行5’除磷酸处理，原理是连接酶只能连接DNA片断的3’OH末端与5’端，所以除磷后载体不会自环。一旦有外源片断插入时，由外源片断提供5’端就能与载体进行连接。通过这种方法可大大减少由载体的自
环造成的高本底。对于双酶切来说，无论载体与供体同一片段上都有不同的末端，这样就避免了载体与供体的自环，能使有效连接产物大大增加。双酶切的另一个特点是能将供体分子定向连接到载体上。
连接反应的温度在
37℃时有利于连接酶的活性。但是在这个温度下粘末端的氢键结合是不稳定的。因此采取折中的温度，即12-16℃，连接12-16h（过夜），这样既可最大限度地发挥连接酶的活性，又兼顾到短暂配对结构的稳定。Taq
DNA酶扩增的PCR产物，其DNA双链前后末端都有一个游离的A碱基，可以与pGEM-T Easy Vector
末端游离的T碱基互补形成环状重组T质粒。
二．材料与方法
1 材料
外源DNA片断
2 仪器、用具
移液枪、碎冰
3 试剂
pMD 18-T Vector；Ligation buffer；T4 ligatease；rATP
4 方法
连接体系如下：
16℃ 连接过夜。
（二） 重组质粒的转化及阳性克隆的鉴定
1 材料
E.coli JM109菌株
2 仪器、用具
超净工作台、离心机、恒温摇床、恒温培养箱、培养皿、试管、1.5ml 离心管、电泳仪、电泳槽、凝胶样品梳、移液器
3 试剂
(1) CaCl2、LB平板（见附录）；SOC培养基（见附录）；SOB培养基
(2) RNase A1；Buffer S1；Buffer S2；Buffer S3；Buffer W1；无水乙醇的Buffer W2a
(3) 1×电泳缓冲液（TAE）；溴化乙锭溶液（EB）[有毒，小心]；琼脂糖；6×加样缓冲液
(4) 酚；氯仿；异戊醇
(5) ddH2O；10×PCR Buffer (Mg2+ plus)；dNTP；M13+；M13-；TaKaRa rTaq酶
4 方法
1. 大肠杆菌感受态细胞的制备
(1) 取大肠杆菌JM109保存液50μl，接种于4ml LB（或SOB）液体培养基中，37℃，300rpm振荡培养过夜，第二天取50μl
转接到新的4ml
LB（或SOB）液体培养基中扩大培养3h至OD600=0.35～0.4，在无菌操作台上取1ml菌液于1.5ml离心管中，冰浴10min。
(2) 4℃，5000rpm离心2min，去上清液。
(3) 加入750μl预冷的0.1M CaCl2重悬菌体，冰浴30min。
(4) 4℃，5000rpm离心2min，弃上清液。
(5) 加入100μl 冰冷的0.1M CaCl2轻轻重悬菌体，冰浴2h后，4℃保存备用。
2. 重组DNA的转化
(1) 将含Amp、X-Gal、IPTG的LB平板37℃预热。
(2) 于100μl感受态细胞中加入10μl连接产物，冰浴30min。
(3) 将离心管转入42℃水浴，热冲击90秒，然后不要摇动离心管，迅速将其放在冰上2min。
(4) 在离心管中加入SOC培养基300μl，枪头混匀，37℃、150rpm温和摇振60min。
(5) 将200μl 转化菌液均匀地涂布于含50mg/ml Amp、20mg/ml X-gal、200mg/ml IPTG 的LB平板上，37℃倒置培养过夜，挑选白色菌落进行鉴定。
注意事项：
① 制备感受态细胞的全部操作均须于冰浴操作，同时注意近火无菌操作，防止感受态细胞受杂菌污染。
② 42℃热处理时很关键，转移速度要快，且温度要准确。
③ 菌液涂皿操作时，应避免反复来回涂布，因为感受态细菌的细胞壁有了变化，过多的机械挤压涂布会使细胞破裂，影响转化率。
3． 重组质粒的鉴定
方案一 菌落PCR
(1) 制备PCR混合液：
(2) 用经灭菌的10μl枪头（不用牙签）挑去白色菌落，迅速地使挑取物溶在上述混合液中。
(3) 盖上离心管得盖子，在沸水上温育10 min。
(4) 将步骤 ⑶ 的样品冷却至室温，离心数秒，然后于管中加入TaKaRa rTaq酶0.25ul。
(5) 按以下条件进行PCR反应：94℃预变性3min；然后进行30个循环反应，其温度循环条件为：94℃变性1min，57℃退火1min，72 ℃延伸1min；循环结束后72℃再延伸5min。
(6) 取5μl PCR产物在1%琼脂糖凝胶上进行电泳检测。
方案二 质粒PCR
1. 碱裂解法少量制备质粒DNA
(1) 用离心管收集4ml在LB培养基（含Amp）中培养过夜的菌液，14000rpm离心30秒，弃尽上清。
(2) 用250μl已加入RNase A1的Buffer S1充分悬浮细菌沉淀。
(3) 加入250μl Buffer S2，温和但充分地上下翻转混合4-6次，此步骤不宜超过5min。
*Buffer S2使用后应立即盖紧瓶盖，以免空气中的CO2中和Buffer S2中的NaOH，降低溶菌效率。
(4) 加入400μl Buffer S3，温和地上下翻转8-10次，室温静置2min，14000rpm离心10min。
*若离心后凝结块未沉淀到离心管底部，应再上下翻转数次，12000g离心3min。
(5) 将DNA-prep Tube置于2-ml Microfuge Tube中，将步⑷中的混合液移入DNA-prep Tube中，5500rpm离心1min。
(6) 弃滤液，将DNA-prep Tube置回到原2-ml Microfuge Tube中，加入500μl Buffer W1，5500rpm离心1min。
(7) 弃滤液，将DNA-prep Tube置回到原2-ml Microfuge Tube中，加入700μl已加无水乙醇的Buffer W2，5500rpm离心1min，以同样的方法再用700μl已加无水乙醇的Buffer
W2洗涤一次。
(8) 弃滤液，将DNA-prep Tube置回到原2-ml Microfuge Tube中，14000rpm离心1min。
(9) 连滤液一并弃掉收集管，将DNA-prep Tube 置于一新的1.5ml 离心管中，在silica 膜
中央加入25-30μl Eluent或去离子水。
(10) 室温静置2 min，14000rpm离心1min洗脱DNA。
(11) 取5μL样品，1%琼脂糖凝胶电泳初步筛选重组转化子。
2. 抽提纯化质粒DNA酚、氯仿抽提可以去除碱裂解法制备的质粒DNA中残留的蛋白质。
(1) 加TE稀释质粒DNA溶液至300μL。
(2) 加等体积的酚:氯仿:异戊醇（25:24:1），震荡混匀，静置3min。
(3) 14000rpm 离心5min，吸上清液，加等体积的酚:氯仿:异戊醇（25:24:1），混匀，静置3min。
(4) 14000rpm离心5min，吸上清液，加等体积的氯仿:异戊醇（24:1），混匀，静置3min。
(5) 14000rpm离心5min，吸上清液，加2.5倍体积预冷的无水乙醇，混匀后-20℃放置15min，沉淀质粒DNA。
(6) 14000rpm离心13min，弃上清液，沉淀加入200μL 70%乙醇洗涤一次，室温干燥，用20μL去离子双蒸水溶解质粒DNA沉淀，-20℃保存待用。
(7) 取5μl样品，1%琼脂糖凝胶电泳检测纯化结果。
3. 质粒PCR
(1) PCR反应体系如下：
(2) PCR 扩增反应条件：94℃预变性3min；然后进行30 个循环反应，其温度循环条件为：
94℃变性1min，57℃退火1min，72 ℃延伸1min；循环结束后72℃再延伸5min。
(3) 取5μl PCR产物于1%琼脂糖凝胶进行电泳检测，方法与试验二相同。
