主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明
研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。
图1.cinnarizine
2.计算方法
从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（COD 编号：2100207[1]），采用ChemBioDraw 画出客体的化学结构。
采用UCSF Chimera[3]处理主客体结构，去除β-CD晶体结构中的冗余原子，得到β-CD和客体分子的三维结构。对于主客体结构均采用Dock Prep模块添加氢原子，分别添加AMBER14SB 力场和AM1-BCC 电荷[4, 5]，然后对主客体结构分别进行能量优化。
采用Chimera 中的DMS 工具以半径为1.4Å 的探针生成主体分子的表面，使用sphgen 模块生成填充在空腔中的球状集合（Spheres），使用Grid 模块生成Grid 文件，该文件用于快速的基于Grid 的能量打分评价。
采用DOCK6.7 程序[6, 7]进行柔性对接（flexible
docking），生成1000个不同的构象取向（orientation）以及获得客体与主体的静电和范德华相互作用，并由此计算得到Grid
打分。通过聚类分析（RMSD 阈值2.0Å），得到打分最佳的构象。
3.结果分析
A.结合构象打分
采用DOCK6.7程序预测主客体的结合模式，获得初步的结合构象，打分情况如下（表1）。目视检查β-CD与Cinnarizine的结合模式有2种，且主客体之间的静电力为零。
表1.主客体的对接打分
B.结合模式分析：β-环糊精（β-CD）与客体Cinnarizine
图2显示了主体β-CD与客体Cinnarizine结合的DOCK6.7对接结果，目视检查发现主客体之间有2种结合模式。客体分子Cinnarizine包埋于主体β-CD 内腔中，主客体之间无氢键相互作用，两者主要靠疏水作用维持结合。
图2.主体β-CD与客体Cinnarizine的结合模式
（A和B为两种不同结合模式）
参考文献：
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