何泽慧1964年起担任原子能研究所副所长。1965年赴河南安阳参加社会主义教育运动。“文革”中被作为“反动学术权威”受到错误的审查和批判;1969年冬，下放到二机部在陕西合阳的“五七”干校参加农业劳动。
1973年，中科院高能物理研究所成立后，何泽慧担任副所长，积极推动宇宙线超高能物理和高能天体物理研究的开展。她倡导和全力支持开展交叉学科的研究，推动了中国宇宙线超高能物理及高能天体物理研究的起步和发展。在她的倡导与扶持下，高能物理研究所原宇宙线研究室通过国内、国际合作，在西藏甘巴拉山建成世界上海拔最高的(5500米)高山乳胶室;还从无到有、从小到大地发展了高空科学气球，并相应发展了空间硬x射线探测技术及其他配套技术。
1980年，何泽慧当选为中科院数学物理学学部委员(院士)。直到耄耋之年，她仍然坚持全天上班，关心中国高能物理和核物理事业的发展。