影响全自动蛋白电泳仪的主要因素
(1) 电泳介质 pH 值的影响 : 对于蛋白质和氨基酸等两性分子，电泳介质的 pH 值影响蛋白质的电离情况，即可决定蛋白质的带电量 (Q) 。 pH 值小于等电点，分子带正电荷，向负极泳动，如果 pH 大于等电点，分子带负电荷，向正极泳动。 pH 值偏离等电点越远，分子所带净电荷越多，其泳动速度越快。当缓冲液 pH 等于其等电点时，分子处于等电状态，不移动。由于血清蛋白质的等电点多在 pH4 ～ 6 之间，因此，分离血清蛋白常用 pH 8.6 的巴比妥缓冲液或三羟甲基氨基甲烷 (Tris) 缓冲液。
(2) 缓冲液的离子强度 : 离子强度低，电泳速度快，分离区带不易清晰;离子强度高，电泳速度慢，但区带分离清晰。如离子强度过低，缓冲液的缓冲量小，不易维持 pH 的恒定;离子强度过高，则降低蛋白质的带电量 ( 压缩双电层 ) 使电泳速度减慢。所以常用离子强度为 0.02 ～ 0.2 之间。
(3) 电场强度的影响 : 电场强度和电泳速度成正比关系。电场强度以每厘米的电势差计算，也称电势梯度。如纸电泳的滤纸长 15cm ，两端电压 ( 电势差 ) 为 150V ，则电场强度为 150 / 15=10 V / cm ，电场强度愈高，则带电粒子的移动愈快。 随着电场强度的增高，电流强度增加，产热也增多。
产热的不良后果是： ① 引起水的蒸发，改变溶液 pH 及离子强度; ② 引起介质温度高，可使蛋白质变性。因此电泳必须控制电压在一定范围之内，当进行高压电泳时，必须装备有效的冷却装置。
(4) 电渗 : 在电场中，由于多孔支持物吸附水中的离子使支持物表面相对带电，在电场作用下，溶液就向一定方向移动，此种现象称为电渗。如纸上电泳所用的滤纸纤维素带有负电荷;琼脂糖电泳中，所用的琼脂糖由于大量硫酸根的存在也带有负电荷，它们使水感应产生水合氢离子 (H+3O) 。在外电场的作用下，水向负极移动。如果被测定样品也带正电荷，则移动更快;如果被测定样品带负电荷，则移动减慢。所以电泳时，颗粒泳动所表现的速度决定于颗粒本身的泳动速度和溶液的电渗作用。因此在选用支持物时，应尽量避免高电渗作用的物质。
