EMSA凝胶迁移(二)
实验步骤
生物素标记探针:
1. 按如下顺序加入反应物,温和混匀,切勿涡漩
超纯水 25μl
5×TdT Reaction Buffer 10μl
探针(1μM) 5μl
Biotin-N4-CTP 5μl
TdT (2U/μl) 5μl
37℃反应30分钟
2. 加入2.5μl 0.2M EDTA终止反应;
3. 加入50μl 酚:氯仿,短暂涡漩,15000g离心2min,保留上层水相,-20℃保存;
4. 结合反应前等体积混合两条标记引物,90℃退火引物,并自然冷却至4℃,待用。
抽提核蛋白:
1. 2~3×106密度铺60mm细胞培养板,培养约12h;
2. 移去细胞培养基,PBS洗细胞一次;
3. 加入1mL Buffer B 于培养板,将细胞刮下收集于1.5mL离心管;
4. 1000g 离心2min,吸去上清;
5. 加入160μl Buffer A,重悬沉淀,冰育20min;
6. 加入含2.5%NP-40的Buffer A,涡漩10s,4℃ 15000g 离心5min;
7. 吸去上清,加入40μl Buffer C,4℃涡漩25min,4℃ 18000g 离心5min;
8. 吸取2μl上清采用Bradford法测蛋白质浓度,其余储存于-80℃。
配置非变性聚丙烯酰胺凝胶(以6%浓度为例)
5×TBE 1mL
30%Ac-Bi 2mL
40%Glycerin(甘油) 625μL
DDW (双蒸水) 6.125mL
10%AP 150μL
10%TEMED 100μL
以预冷为4℃的0.5×TBE为电泳缓冲液,100V预电泳30-60min(时间不定,跑到溴酚蓝占整块胶的三分之二处)
EMSA(参考PIERCE公司试剂盒)
1. 特异性的证明
使用的探针序列需证明其是否与目的蛋白特异性结合,确定目的条带的位置。
按照“步骤"中的体系,做以下四组平行结合实验:
(在加入ddw,10×binding buffer,Poly(dI.dC)的基础上)
1) 生物素标记的探针
2) 蛋白质粗提物
3) 蛋白质粗提物+200倍浓度的非标记的同种探针(即冷探针)
4) 蛋白质粗提物+200倍浓度的非标记的突变探针(可以设计多种突变类型的探针,看是否能竞争结合)
5) 蛋白质粗提物+抗体
室温反应10min,然后加入生物素标记的探针;
室温继续反应20min,做EMSA检测。
结果分析,如果出现如下实验结果
1) 显示游离探针位置
2) 显示游离探针位置和迁移带位置
3) 只有游离带,没有迁移带
4) 和2)带型一致
则证明探针与目的蛋白为特异性结合。
步骤:
1. 按如下顺序加入反应物,温和混匀(20μl体系)
ddw ――
10×binding buffer 2μl
Poly(dI.dC) 1μl (以上文字已说明由公司定)
核蛋白粗提物 4-10μg(温和混匀)
生物素标记的探针 0.5μl
室温反应20min,加入6×Loading Buffer (TAKARA) 4μl,上样10-20μl,100V电泳至溴酚蓝于三分之二处。
2. 电转前将尼龙膜浸泡于0.5×TBE至少10min
以预冷的0.5×TBE为电转缓冲液100V转胶于尼龙膜上,45min。
3. UV BOX下,以贴近膜一面面向紫外光源,以254nm激发光交联15min(紫外交联仪1200能量,照2次)
4. 加入25mLBlocking Buffer,以约70rpm在脱色摇床上封闭30min
5. 将SA-HRP以1:30000-50000稀释于12mL Blocking Buffer,脱色摇床70rpm作用20min
(洗膜过程全部在脱色摇床上进行, 约100-140prm)
6. Buffer II 25ml, 5min
7. wash buffer 25ml 15min
8. Buffer III 25ml 5min×2次
9. 0.1%SDS in 2×SSC, 5min×2次
10. 0.1%SDS in 1×SSC, 10min×2次
11. 0.1%SDS in 0.5×SSC, 5min×2次
12. 将膜于滤纸稍适吸干,加入到以1:20稀释的发光反应液(宁波奥唯),作用1-5 min,将尼龙膜封于保鲜膜中(避免褶皱和气泡的产生),暗室曝光1-5min,检测信号。
注意事项
使用此protocol效果图
图1. 用10ng/ml的mLT-?刺激MEF细胞,分别刺激0、15、30、60、120min,检测NF-?B的量。(p:probe only. 只加入标记探针未加入核蛋白抽提物)