然而，霍姆斯特极深地下实验室的建造却一路坎坷。2001年，研究人员努力说服国会拨专款，防止这座金矿在被关闭后充水，但国会没有同意。2007年7月，NSF在经过竞争后，选择霍姆斯特金矿作为实验室地址；2009年9月，NSB同意拨款2900万美元用于实验室的初步设计。但这笔钱并没有支付相关的运作费用，因为金矿的水泵必须不断抽水以保持部分地方的干燥。

　　今年3月，南达科他州批准了540万美元的运作经费，这笔费用可至2011年5月。NSF和研究团队申请190万美元经费帮助度过困难时期，直至NSB在明年底评估完设计方案，基金会还希望委员会能在明年春天时提供额外的1000万美元。

　　然而，NSB却认为，目前的方案“不可接受”。委员会主席、俄勒冈州立大学海洋生物学家马克·阿尔伯特说，委员会成员拒绝了两个机构分担责任和成本的方案。

　　在目前这种管理模式下，NSF将承担实验室4.8亿美元的基础建设费用，而能源部只负责实验室最大实验装置——粒子探测器的领导工作，该粒子探测器名为“长基线中微子实验”，重达2万公吨，费用至少为6.6亿美元。该实验将捕获从能源部费米国家加速器实验室中飞出的中微子，并将成为未来数十年中费米国家实验室的旗舰项目。