NSB成员质疑大型基础设施项目的建造是否符合NSF的使命，因为NSF一般情况下只建造望远镜这样的科学仪器。阿尔伯特说：“我们是一个科学机构，不是任务机构、设备机构或大型基础设施机构。”相反，能源部科学办公室则支持了一个国家实验室系统和用户设备，这是能源部的使命所在。

　　加州大学伯克利分校的物理学家开尔文·拉斯克是地下实验室设计小组负责人，他说：“我们将继续与国家科学委员会、国家基金会和能源部对话，在解决他们的问题的同时也保持项目的动能。”

　　然而，NSF数学和物理学部主任爱德华·赛德尔则表示，经过10年的抗争，建造地下实验室设施的战役进入了一片未知领域。一个明确的问题是，NSF将负责支持地下实验室建造好以后的实验。

　　如今，极深地下实验室的支持者们将希望寄托于能源部。能源部看似也愿意挽救这个多难的项目。能源部科学办公室负责人威廉·布林克曼表示：“我们还没有作任何决定，但我们正试图不让在这个项目上付出的所有努力白费。”