依托这些重大科技基础设施，我国在物质科学前沿、物理、生命科学、材料科学、化学化工、医学、地球科学、资源环境等领域前沿研究的水平大大提高，获得了丰硕的成果，特别是具有国际影响力的应用研究成果日益增多。近十年来，设施建设及依托设施取得的研究成果获得一批国家级奖励，党和国家领导人多次视察，2001年以来11次入选我国“重大科技年度进展”，有力支撑了国家科技能力的创新，为国家科技及社会经济发展做出了重要贡献。例如，菠菜捕光蛋白2.72Å结构、油菜素内酯受体膜蛋白结构、AMP激活蛋白激酶的工作原理、发现系列碳氢化合物氧化过程的重要中间体、在分子水平上揭示中药(砒霜)治疗白血病的机理等多项重要成果在国际顶级刊物Nature、Science等上发表，得到国际相关领域的高度评价和广泛关注。
近年来，中国科学院不断完善管理机制，出台了一系列管理规定及管理细则，并通过组织培训、管理研讨、强化过程管理等有效措施，克服经费不足的困难，有力促进建设设施按计划、不超预算、高标准完成建设任务，达到国际先进水平;运行设施的运行稳定、高效，成为名副其实的国家级重要科研平台。同时，中国科学院也一直致力于国家重大科技基础设施的开放共享，努力使这些装置成为全国科技工作者共享共用的多学科交叉研究平台。目前这四个装置上开展的研究课题，约50%来自于中科院以外的科研单位或大学。