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靶向定量蛋白组学：系统量化高度相似的组蛋白变体和亚型的有效方法
靶向蛋白质组学系统定量分析H2A和H2B变体
基本信息
材料：小鼠睾丸提取物
主要技术：PRM, SRM
期刊：Epigenetics Chromatin.
影响因子：5.351
文章摘要
组蛋白通过各种过程将DNA组织成染色质。其中大量的组蛋白变体可以整合到染色质中，并且可以调节其组织和功能。传统上，组蛋白变体的研究很大程度上依赖于基于抗体的分析。然而，抗体在区分高度相似的组蛋白变体方面效率有限。本研究通过靶向蛋白质组学方法（SRM和PRM),对H2A和H2B变体使用对应于25种不同组蛋白序列的55种肽段进行鉴别定量。然后将该方法应用于小鼠睾丸提取物，其中几乎所有组蛋白变体都表达。该方法在精子发生的连续阶段确定了几种睾丸特异性组蛋白的丰度以及预测的H2A.L.1亚型的存在。该方法还用于探索雄性不育小鼠模型中H2A.L.1亚型的过表达模式。这些结果表明靶向蛋白质组学是量化高度相似的组蛋白变体和亚型的有效方法，对于各种疾病中失调的组蛋白变体研究有着重大意义。
方法流程
组蛋白变体的序列相似性
挑选定量H2A, H2B的特征肽段
特征肽段大多不含翻译后修饰
评估特征肽段的线性
小鼠精子发生过程中H2A和H2B变体的定量
小鼠H2A.L.1亚型的定量
小鹿点评
基于质谱的靶向蛋白质组学相对比传统基于抗体的定量方法有着很大的优势。首先该方法无需抗体，不受限于抗体的限制；其次该方法通量高，一次性可定量几十上百种蛋白质；再次该方法定量结果准确，灵敏度高；最后是该方法可鉴定并定量翻译后修饰、高度相似的蛋白质亚型等。本文通过SRM和PRM技术，对序列高度相似的组蛋白变体进行鉴别定量，很多肽段甚至只有一个氨基酸不同，即使这样靶向蛋白质组学技术也可成功的对组蛋白变体进行定量，并确认了预测亚型的存在。
文献来源
El Kennani S. et al., Systematic quantitative analysis of H2A and H2B variants by targeted proteomics. 2018, Epigenetics Chromatin.
