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蛋白质组学领域期刊介绍与投稿建议
景杰生物/整理
编者按： 当下蛋白质组学研究正如火如荼地发展，随着技术的不断成熟，蛋白质组学作为一种强大的高通量分析工具，已经被科研工作者广泛应用并且在不同的领域发挥着重要作用。一般而言，以蛋白质组学数据驱动的文章研究思路主要如下图所示：
图1. 蛋白质组学研究思路概述
当然，针对不同类型的实验样本设计以及对课题的深入程度，后续所进行的进一步研究工作会有所不同，所做的文章层次也有一定区分。通常来讲，更新颖的选题（如热门的新型修饰），更严谨的实验设计，以及更全面的功能实验是助力高水平文章发表的几大关键因素。
在这里，我们汇总了一部分常见的蛋白质组学及相关领域期刊的介绍、文章的研究思路以及文章举例，供您参考，希望对您的投稿工作有所助益。
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第一档期刊（影响因子10分左右及以上）
介绍：该分数段的期刊主要包括：Cell（IF:31.398, 一区)，Nature ( IF:41.577,一区) ，Science ( IF:41.058,一区) 及部分子刊包括Cancer Cell ( IF:22.844, 一区) ，Cell Metabolism ( IF:20.565, 一区) ，Molecular Cell ( IF:14.248, 一区) ，Molecular Plant ( IF:9.326,一区) 等以及部分其他期刊像Molecular Systems Biology ( IF:8.500, 一区) ，Plant Cell( IF:8.228,一区) ，Nature Communications ( IF:12.353, 二区) ，PNAS( IF:9.504,二区) ，Cancer Research ( IF:9.130, 一区) ，Circulation ( IF:18.881,一区) ，Hepatology ( IF:14.079,一区) 等。
组学思路：在这类高水平期刊中，蛋白质组学驱动的研究主要包括：1. 应用大样本蛋白质组学进行海量高深度数据分析，或结合多组学分析揭示生理病理机制，筛选临床生物标志物以及进行疾病分子分型等。2. 应用蛋白质组学或翻译后修饰组学找到功能机制研究的突破口并在后续工作中展开深入细致的研究，进一步阐述清楚具体机制。这一类期刊上发表的以蛋白质组学为核心的文章往往具有很高的新颖性和很重大的研究意义。
文章举例1：Aberrant ERBB4-SRC Signaling as a Hallmark of Group 4 Medulloblastoma Revealed by Integrative Phosphoproteomic Profiling（Cancer Cell IF：27.072) ( Antoine Forget et al., 2018)
这篇文章的研究从蛋白质组学、磷酸化修饰组学等多组学的角度，系统地研究了成神经管细胞瘤（MB）的发生机制。通过对4种不同亚型的MB进行研究，检测蛋白质丰度和磷酸化修饰谱的变化，研究者发现ERBB4-SRC在G4 MBs这一类亚型所涉及信号通路中的潜在关键作用，为未来MB亚群潜在治疗研究提供了重要的临床前依据。
文章举例2：Fungal-induced protein hyperacetylation in maize identified by acetylome profiling（PNAS IF：10.359）(Justin Walley et al., 2018)
这篇文章应用乙酰化修饰组学，发现植物致病真菌炭色孢腔菌（Cochliobolus carbonum）产生的HC-toxin（HCT）分子能够抑制宿主本身激活的去乙酰化酶介导的免疫应答机制，从而为真菌的侵染创造有利的环境。全文进行了详尽的机制与功能研究，最终获得较为完整的调控机制解析。
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第二档期刊（影响因子5-8分左右）
介绍：该分数段的期刊主要包括蛋白质组学期刊：Molecular & Cellular Proteomics（IF:5.236, 二区），综合性期刊：Cell Reports（IF:8.032,一区），系统生物学期刊：Cell Systems（IF:8.982, 一区）以及其他专业领域期刊如：Molecular Neurobiology（IF:5.076, 二区），Theranostics（IF:8.537, 一区），植物领域的Plant Journal（IF:5.775, 二区），Plant Physiology（IF:5.949, 二区），Plant Cell and Environment（IF:5.415, 二区），多组学领域的Genomics, Proteomics& Bioinformatics（IF:6.615）等。
组学思路：发表在该分数段期刊的组学文章除了单纯的组学数据的分析以外，相对于3-4分的文章其研究内容更为丰富，除了对蛋白质组数据的分析完整性要求以外，通常需要有进一步的功能验证与机制研究（如基因敲除，点突变，位点特异性抗体验证，蛋白活性验证，后续功能实验，动物模型等）。
文章举例1：Loss of TIGAR induces oxidative stress and meiotic defects in oocytes from obese mice （Molecular & Cellular Proteomics IF：6.323）(Wang et al., 2018)
这篇文章通过基于质谱的蛋白质组学定量分析肥胖小鼠与正常小鼠卵母细胞中的蛋白组差异，发现肥胖小鼠成熟卵母细胞中TIGAR蛋白的显著减少。进一步通过敲低和过表达TIGAR揭示了其对抗肥胖的重要意义：高表达TIGAR可以保护肥胖小鼠的卵母细胞免受氧化应激和减数分裂缺陷，减少肥胖所带来的负面影响。
文章举例2：Oxidative stress-triggered interactions between the succinyl- and acetyl-proteomes of rice leaves（Plant Cell and Environment IF：6.151）(Zhou H et al., 2017)
这篇文章首次报道水稻通过改变自身乙酰化和琥珀酰化修饰来响应外界氧化胁迫刺激，本研究在水稻叶片中一共鉴定到2593个琥珀酰化蛋白(5502个位点)和1024 乙酰化蛋白（1669个位点），其中有 723个蛋白同时发生乙酰化和琥珀酰化修饰。本文研究给我们提供了一条非常好的修饰组学+验证的文章写作思路和策略，为其他如拟南芥、大豆、小麦等植物领域后续开展修饰组学研究提供了借鉴和参考。
第三档期刊（影响因子3-4分左右）
介绍：该分数段蛋白质组学相关期刊主要包括：Proteomics（IF:3.532, 二区），Journal of Proteomics（IF:3.722, 二区），Journal of Proteome Research（IF:3.950, 二区），BMC Genomics（IF:3.730, 二区），Genomics（IF:2.910, 三区），Proteome Science（IF:1.769, 四区）等常见的蛋白质组学领域的期刊，也包括各专业领域的一般期刊。
组学思路：这类文章一般是最常见也是最简单的蛋白质组学研究思路。第一，蛋白质组学方向：寻找样本之间的差异蛋白/修饰位点，对差异蛋白/修饰位点进行生物信息学分析，结合样本表型，找到与表型相关的蛋白或通路进行讨论与解释，可以使用抽谱图、WB或PRM进行数据可靠性的简单验证。通常并不强制要求复杂的功能性实验结果。第二，蛋白质翻译后修饰组学（例如：新型酰化修饰）：则以修饰组学数据分析为主。
文章举例1：Quantitative analysis of the global proteome in peripheral blood mononuclear cells from patients with new-onset psoriasis （Proteomics IF：3.532）(Wang et al., 2018)
这篇文章比较牛皮藓患者与健康人PBMC细胞蛋白质组学差异（多样本混样，2组三次重复），随后对差异蛋白进行生物信息学分析，找到与疾病相关的NF-κB通路中的几个蛋白，并通过WB验证其表达水平确实在疾病样本中发生显著上调。
文章举例2：The first whole-cell proteome- and lysine-acetylome-based comparison between Trichophyton rubrum conidial and mycelial stages（Journal of Proteome Research IF：3.950）(Xu et al., 2018)
这篇文章通过蛋白质组学和乙酰化修饰组学技术分析了红色毛癣菌的两个主要增长阶段，分生孢子和菌丝阶段的差异表达蛋白和修饰位点。该研究结果增强了我们对红色毛癣菌的生理特性的认识并促进开发针对该真菌的治疗策略。文章利用蛋白质组学和修饰组学数据进行生信分析，挖掘差异的蛋白水平/修饰水平与样本生理特性之间的联系，并通过PRM和qRT- PCR对组学实验结果进行了简单的进一步验证，属于第三类组学文章典型的研究思路。
小结
应用蛋白质组学数据进行数据挖掘找到关键调控因子并进行深入分析或讨论是一般的蛋白质组学文章构思方式，上面的一些介绍只是抛砖引玉，供您参考。最后预祝您科研顺利！
| 类别 | 期刊名称 | 影响因子 |
| 第一档（影响因子10分左右及以上） | Nature | 41.6 |
| Science | 41.1 | |
| Cell | 31.4 | |
| Cancer Cell | 22.8 | |
| Cell Metabolism | 20.6 | |
| Molecular Cell | 14.2 | |
| Nature Communications | 12.4 | |
| Nature Protocols | 12.4 | |
| PNAS | 9.5 | |
| Cancer Research | 9.1 | |
| Genome Research | 10.1 | |
| Molecular Plant | 9.3 | |
| Molecular System Biology | 8.5 | |
| Cell Systems | 9.0 | |
| Circulation | 18.9 | |
| Hepatology | 14.1 | |
| 第二档（影响因子5-8分左右） | Molecular & Cellular Proteomics | 5.2 |
| Cell Reports | 8.0 | |
| Theranostics | 8.5 | |
| Plant Cell | 8.2 | |
| Genomics, Proteomics & Bioinformatics | 6.6 | |
| Plant Physiology | 5.9 | |
| Plant Journal | 5.8 | |
| Plant Cell and Environment | 5.4 | |
| Molecular Neurobiology | 5.1 | |
| 第三档（影响因子2-4分左右） | Journal of Proteome Research | 4.0 |
| Journal of Proteomics | 3.7 | |
| BMC Genomics | 3.7 | |
| Proteomics Clinical Applications | 3.6 | |
| Proteomics | 3.5 | |
| Clinical Proteomics | 3.5 | |
| Expert Review of Proteomics | 3.5 | |
| Genomics | 2.9 | |
| Current Protein & Peptide Science | 2.7 | |
| Cancer Genomics & Proteomics | 2.4 | |
| Proteome Science | 1.8 |
参考文献：
1 Forget, A., et al. (2018) Aberrant ERBB4-SRC Signaling as a Hallmark of Group 4 Medulloblastoma Revealed by Integrative Phosphoproteomic Profiling. Cancer cell.
2 Walley, J. W., et al. (2018) Fungal-induced protein hyperacetylation in maize identified by acetylome profiling. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.
3 Wang, H., et al. (2018) Loss of TIGAR induces oxidative stress and meiotic defects in oocytes from obese mice. Molecular & Cellular Proteomics.
4 Zhou, H., et al. (2018) Oxidative stress-triggered interactions between the succinyl- and acetyl-proteomes of rice leaves. Plant, cell & environment.
5 Li, F., et al. (2018) Quantitative Analysis of the Global Proteome in Peripheral Blood Mononuclear Cells from Patients with New-Onset Psoriasis. Proteomics.
6 Xu, X., et al. (2018) The First Whole-Cell Proteome- and Lysine-Acetylome-Based Comparison between Trichophyton rubrum Conidial and Mycelial Stages. Journal of proteome research.
