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公开课回顾-肠道菌群和宿主代谢组学相关性研究的分析策略
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2018年度麦特绘谱第三期网络学堂已圆满结束，基因组学的持续火热促进了肠道菌群研究的跨越式发展，同时位于中心法则终端的代谢组学迅猛崛起，从比较代谢组学研究到功能代谢组学研究的模式升级已成为临床疾病应用的大前提。肠道菌群与诸多疾病的关联性研究屡见报道，菌群代谢物累积造成宿主微环境的改变，由此提出肠道菌群和宿主代谢组学功能相关性研究。为此麦特绘谱特邀上海市第六人民医院转化医学研究中心助理研究员郑晓皎博士为大家讲授“肠道菌群和宿主代谢组学相关性研究的分析策略”网络公开课，本期课程概要：
肠道宿主共代谢组学（宏代谢组学）的研究进展；
肠道菌群如何影响宿主代谢和胰岛素敏感性；
宏代谢组与宏基因组整合案例分析；
关联分析在临床研究中的意义探索。
现将相关视频内容和问答整理并分享给大家
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Q&A
1. 如何知道哪些代谢产物是宿主与菌群的共代谢物？
现有技术手段并不能明确哪种代谢产物是宿主本身产生，哪种代谢产物是菌群产生，哪种代谢产物是宿主与菌群共同产生的代谢产物，而是宿主、菌群及宿主-菌群共同产生的代谢产物三者整体进行研究。
2. 检测肠道菌群代谢产物的主要标本是什么，对于小鼠肠道内容物和粪便样本哪个好？
肠道菌群的样本首选粪便或者肠道内容物这类菌群代谢物比较丰富的样本，临床样本一般选择人的粪便样本，常见的血清、血浆等样本也可以检测，具体样本选择应根据项目实际情况选定。
3. 临床疾病和检测出的菌群功能如何进行关联，采用的方法是什么？
临床疾病类样本进行代谢组学检测得到代谢物浓度数据集，肠道菌群得到菌群结构数据集，分别进行差异分析和多层次相关性分析，构建两者二维网络并进行优化，构建共有和特有的调控模式，从而识别标志性的关联对和关系链，再用体外实验和动物实验逐步验证。
4. 肠道菌群检测的样本是否一定要新鲜的，请问取粪便样本和肠道内容物有哪些注意事项？
新鲜或冻干粪便样本均可，除了个别短链脂肪酸类物质久置后挥发可能影响检测，样本取样后应尽快低温冷冻保存，避免常温暴露过久，对于低温持续保存的样本目前均可以检测比如临床随访的样本；各类样本收集注意事项均有详细的收集运输方案，具体请联系我们技术支持。
5.第21张PPT中是通过什么统计方法进行代谢物种类与肠道菌门层次做相关分析的？
21张PPT是用Spearman Correlation的方法做将代谢物与肠道菌门层次做相关性分析。
6. 将多种代谢物归到大类再与菌群做相关性分析时，代谢物归类后的计算方法是什么，加和还是均值？
归类可以用加和的方法，也可以通过多维统计分析的方法将数据降维。
7. 正常肠道菌群种类是一致的，还是每个人都有区别？
正常人肠道菌群不尽相同，因为肠道菌群受到遗传、饮食、年龄、性别等多种因素的影响。
8. 一般做几个重复，生物样本平行性不好，请问怎么降低？
不同生物样本所需生物学重复数不尽相同，对于人的样本建议每组生物学重复大于50例，动物样本建议每组8~10例以上，植物或者细胞类样本重复数建议每组6例以上，生物样本平行性要求实验设计的同一性并加大样本重复数消除个体差异。
9.代谢组学检测前，用20%的乌拉坦作为麻醉剂麻醉大鼠，麻醉剂对大鼠血液中的代谢产物有没有影响？
影响肯定存在，比较代谢组学的假说是对比的两组都受到同等的影响，同时需要注意是研究什么疾病和检测平台选择。
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