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一天三篇Nature，想发高IF文章还是要用Octet®
前言陈老师的日常工作之一就是检索Octet®文章，因此长期混迹于Nature, Sciencedirect等数据库，检索词一般是：“Biolayer Interferometry”（BLI, 生物层干涉技术）。就在10月中旬，陈老师惊喜发现同一天有三篇新发表的Nature都用到了Octet®分子互作分析系统研究蛋白结构。
10月13日发表的三篇Nature同时用到了
BLI （biolayer interferometry）
第一篇和第三篇的应用较为类似，所以陈老师就来具体介绍一下第一篇和第二篇文章中到底用Octet®做了什么吧。
1 | 马脑炎病毒受体结构解析 |
第一篇文章是中国科学院生物物理研究所章新政课题组和清华大学医学院向烨课题组合作完成的研究论文，该工作解析了委内瑞拉马脑炎病毒（Venezuelan equine encephalitis virus，VEEV）病毒样颗粒及其与人源受体分子LDLRAD3复合物的高分辨冷冻电镜结构，揭示了甲病毒家族核衣壳蛋白和糖蛋白相互作用的病毒颗粒组装机制以及VEEV与受体特异性结合的分子机制。鉴定了LDLRAD3-D1与VEEV结合的关键氨基酸残基，并利用定点突变实验验证了结构中观察到的关键相互作用位点。使用Octet®发现LDLRAD3-D1第41位氨基酸的突变可以使受体与病毒的结合能力提升大约10倍, 证明其具有作为VEEV高效抑制剂的潜能[1][2]。
Octet®Red96分析结果。用SA传感器固化生物素化VEEV抗体，然后抓取VEEV VLP（假病毒），然后与LDLRAD3不同突变体结合，发现第41位氨基酸的突变可以提高亲和力。
2 | 受体酪氨酸激酶结构解析 |
间变性淋巴瘤激酶（ALK）和相关的白细胞酪氨酸激酶（LTK），是最近鉴定的脱孤受体酪氨酸激酶，它们结合激活细胞因子ALKAL1和ALKAL2，参与调控神经发育、癌症和自身免疫性疾病，也是参与能量消耗和体重增加的重要调节因子。比利时根特大学的科学家解析了人类ALK和LTK与ALKAL1和ALKAL2复合物的结构，发现复合物形成后引发了ALKAL1和ALKAL2对称性的二聚体组装。研究表明ALK近膜EGF样结构域决定了ALK的细胞因子偏好。根据这些构效关系，研究人员提出了ALK家族受体复合物的结构和机制蓝图，从而扩展了受体酪氨酸激酶采用的配体介导的二聚化机制。 此研究中，Octet®被用来检ALK/LTK的突变体和ALKAL1/2的亲和力[3]。
Octet®Red96分析结果。用SA传感器固化生物素化的ALKALs与LTK和ALK以及其突变体互作。与野生型相比，突变体的亲和力降低或者消失。证明了结构解析的结果。
总结基于BLI（生物层干涉技术）的Octet®分子互作分析系统，为什么越来越火热呢？因为其与传统方法相比优势在于：
非标记Direct binding是趋势，结果更准确
快速测定亲和力，更加定量化地表征分子互作
无洗涤步骤，可测弱亲和力（解离快）
写入了美国药典，文章多，认可度广
万金油技术，可以用与检测DNA、小分子、蛋白质等各种生物分子
操作简便，耗材及维护成本低
正所谓“想发高分文章，结构少不了”，陈老师加一句:“想研究结构学， Octet®少不了 ”。
- 相关阅读 -
-参考文献-
Ma, B., Huang, C., Ma, J. et al. Structure of Venezuelan equine encephalitis virus with its receptor LDLRAD3. Nature 598, 677–681 (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03909-1
De Munck, S., Provost, M., Kurikawa, M. et al. Structural basis of cytokine-mediated activation of ALK family receptors. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03959-5
Basore, K., Ma, H., Kafai, N.M. et al. Structure of Venezuelan equine encephalitis virus in complex with the LDLRAD3 receptor. Nature 598, 672–676 (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03963-9
