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Nat Microbiol | CRYO ARM 300 助力天津医科大&武汉病毒所团队解析细菌新型CRISPR抗病毒系统工作

JEOL
2022.11.21
20221027日,天津医科大学张恒团队联合中国科学院武汉病毒所邓增钦团队,在国际著名学术期刊Nature Microbiology发表题为Structure and function of a bacterial type III-E CRISPR–Cas7-11 complex的研究论文。该研究阐明了新近发现的type III-E CRISPR-Cas7-11系统中crRNA成熟、靶标RNA识别与切割以及偶联蛋白酶Csx29激活的分子机制。

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作者使用中国国内安装的第一台JEOL CRYO ARM 300冷冻电镜解析了Cas7-11不同工作状态下的一系列高分辨率冷冻电镜结构

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JEOL  CRYO ARM 300 冷冻电镜外观

Cas7-11是由单个基因编码表达的多结构域效应蛋白,该蛋白主要包含四个Cas7-likeCas7.1-4)结构域、一个Cas11-like结构域以及一个IPD结构域。Cas7.1-4结构域组装成一个螺旋状结构来容纳crRNA(图2)。与其他CRISPR-Cas系统相比,Cas7-11自身可以完成催化crRNA的成熟,该功能主要由Cas7.1完成。Cas7-11有两个靶标RNA切割位点,当存在靶标RNA时,Cas11-like结构域和Cas7.2-3共同促进crRNA-靶标RNA双链的形成,随后Cas7.2Cas7.3分别在其活性位点完成靶标RNA的切割。由约350个氨基酸组成的IPD结构域对Cas7-11活力不是必需的,提示可以通过删除IPD结构域获得更加紧凑的Cas7-11,更加有效的包装到病毒载体中递送到靶标细胞中。

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2 使用JEOL CRYO ARM 300解析SbCas7-11–crRNA复合物的密度图Cas7-11系统的另一个显著特点是其能与蛋白酶Csx29形成复合物,但其相互作用位点以及Csx29蛋白酶的活性激活机制和底物尚不清楚。通过解析Cas7-11Csx29复合物结构发现Csx29的结合主要由Cas7.1Cas7.2结构域介导,crRNA不直接参与。靶标RNA是否存在不影响Csx29Cas7-11复合物的形成,但是当靶标RNA结合后会诱导Csx29结构的构象变化,从而暴露出Csx29的催化位点,进而可能激活其蛋白酶活性(图3)。因此,靶标RNA的结合很可能可以激发Csx29蛋白酶活性,从而与Cas7-11协同抵抗外源核酸的入侵。725b759a07a32d06fd73494508f7a24f.png3 Csx29未结合target RNA和结合target RNA时的构象变化

该研究阐述了Cas7-11加工成熟pre-crRNA和切割target RNA的机制,以及Cas7-11Csx29活性的调控机制促进了人们对于CRISPR系统的理解,并为Cas7-11作为安全高效靶向RNA编辑工具的工程化改造提供了结构基础。


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