App MG-02 宏基因组多样性分析

基因组拼接与基因预测

宏基因组测序与微生物（病毒）基因组的鉴定针对个体样本独立完成denovo的拼接工作。并在每一轮拼接后继续进行被过滤数据的重新校验拼接。利用基于插值马尔科夫模型的方法GLIMMER,以及MetaGene等算法预测微生物的ORF；个性化定制用户可以与已公开发表的实验数据集做比较分析。

多样性分析

宏基因组的目的之一就是直接根据基因组的成分区分不同微生态环境和各自内部的成分结构差异性和相似性。因此，我们将每个样本的微生物生境认作不同的生境，并作出两两之间菌群的多样性比较。（1）基于发生率的覆盖度估计（ICE）： 计算物种富集度的指标，计算基因的相对丰度。（2）Alpha diversity；（3）Beta diversity 该指标计算不同微生态环境之间所包含的微生物种类多态性，这里指不同样本的微生物多态性。根据微生物基因组拼接过程可能出现的混和交叉contig(cross-contig)以及基因组平均的大小的估计beta多样性。 

 

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宏基因组（Metagenome） 

宏基因组（Metagenome）也称微生物环境基因组(Microbial Environmental Genome), 或元基因组。宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段, 以微生物多样性、 种群结构、 进化关系、 功能活性、 相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组 DNA, 进行高通量测序分析，或克隆DNA到合适的载体,导入宿主菌体,筛选目的转化子等工作。

特定生物种基因组研究使人们的认识单元实现了从单一基因到基因集合的转变，宏基因组研究将使人们摆脱物种界限，揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。在目前基于大规模高通量测序技术发展的基础上，细菌宏基因组，甚至病毒宏基因组已成为研究和开发的主要对象。

系统学分析使研究者可以更有效地开发细菌基因资源，更深入地洞察细菌多样性。如环境宏基因组成为生物催化剂的新来源，而人体肠道宏基因组使得人类认识到疾病与宏基因组的相互作用关系和宿主受到宏基因组的病理性影响，研究者可开发靶向性的治疗方案。 

 

更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/solution/BigData/metagenome/66.html

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