CSAM-08：转录因子-靶基因关联分析


本方案是根据转录因子结合位点（TFBS）与转录起始位点（TSS）之间的距离来定量估计转录因子（TF）与靶基因基因的关联调控强度，即预测调控关系强度。本方案适用于没有直接关于转录因子ChIP-Seq数据的情形。通过与随机TFBS-TSS距离分布相对比，计算gene与TF关联强度；并根据该强度构建调控网络。基于转录因子Chip-seq数据统计TFBS与转录起始位点TSS之间距离的分布规律，并以此定量估计TF与该基因的调控关联的强度。其强度是具体通过正常与随机TFBS-TSS距离分布相对比得到。根据上述计算得到TF-gene关联强度矩阵（每个转录因子与基因的强度用矩阵表示）,并对其进行K-mean聚类；另外，通过表达谱芯片数据分析获得对应实验条件，样本中差异表达基因，并计算差异基因在聚类簇中的TF-gene关联强度和分类情况。

 

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