RNA结合蛋白富集测序 RIP-Seq/CLIP-Seq服务


CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

RIP-Seq（RNA Immunoprecipitation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物，RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同（如复合物不需要固定，RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶，抗体需经RIP实验验证等等）。
 

主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。依据处理环节的稍微差别，CLIP-Seq目前有不同变体形式，例如 PAR-CLIP和HIT-CLIP。
 

我们的优势
 

测范围广：全基因组范围的RNA蛋白结合位点鉴定分析；

高性价比：基于抗体富集目标区域，有效降低测序数据量；

提供从实验设计，样品制备，测序，数据挖掘，到科学问题解析的整体方案 提供给客户专业的结题报告：

将结合相关领域的现有研究成果，解析相关功能作用或分子机制我们的优势

测序服务流程
 

研究内容
 

1.原始数据处理:过滤掉低质量的reads，去除barcode和adapter序列，去除PCR duplication reads，得到clean reads。

2.基因组和转录组比对

将clean reads比对到基因组，将不能比到基因组的reads比到转录组，筛选出唯一比上的reads

3.显著结合峰的识别与鉴定

将重叠的reads聚类，鉴定识别结合峰，将一定范围内的结合峰聚成簇(cluster)
 

4.结合峰特征分析:统计结合峰的在基因组的各区域的分布、长度分布、间距分布、结合位点的区域富集特征等。
 

5.所结合的靶基因功能聚类:对有显著结合峰的基因进行功能聚类，分析此RNA结合蛋白所调控的生物学通路。

6.最小结合基序分析:分析结合序列的共有基序(motif)，分析结合序列的碱基类型分布
 

一、样本要求

样品类型：RNA样品

RNA片段大小：分布在100~500 bp范围，且主带明显。请提供RNA打断后的检测胶图以确定RNA片段大小是否符合要求，并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的q-PCR验证结果

二、测序策略  50 SE

三、推荐数据量 20M或40M clean reads

四、项目执行周期

25个以下的免疫沉淀后的RNA样品，标准流程（仅包括标准信息分析）的运转周期约为30个工作日

12个以下的细胞系样品，标准流程（仅包括标准信息分析）的运转周期约为42个工作日

样品数更多时，项目周期根据项目规模而定

五、合格指标   产生不低于合同规定的clean reads