DSAM-05 甲基化与基因表达关联分析


本方案是针对基因转录水平和对应的基因区间序列的甲基化程度进行联合分析，期望识别出甲基化空间时间特异性与基因表达转录调控之间的联系。该分析模块需要结合基因转录组、表达谱数据。可以通过RNA-Seq测序方法或表达谱芯片获取基因转录组表达谱数据。（1）针对基因的上下游，基因体，外显子区的甲基化，内含子甲基化等不同分段序列进行甲基化基因比例的统计；（2）针对假基因和非表达基因也进行甲基化程度和比例的计算。（3）结合基因的表达水平，我们对基因体内的甲基化，启动子区甲基化，非甲基化和全部情况分类进行讨论，计算各自情形在表达水平区间内的比例；（4）在样本对比的同时，利用信息熵值（Entropy）的概念计算样本（例如，组织tissue）特异性与基因体内甲基化，启动子区甲基化和非甲基化的各自情形比例。（5）针对基因的5’端边界和3‘端边界，分别对甲基化和非甲基化的启动子/基因区进行表达谱程度（纵轴）的刻画，分析甲基化位置特异性和强度与表达谱强度之间关联。

 

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