在大部分物种中，同义密码子（synonymous codons）以不同频率被采用，产生一种称为密码子偏好性的现象。群体遗传学研究揭示同义位点属于弱选择性位点，同时密码子偏好性是由选择，突变和遗传漂移之间的协同作用平衡所决定。密码子偏好性的选择的主要因素取决于某些受偏好的密码子被更准确和有效地翻译。本方案主要针对基因组（转录组）内的密码子偏好性进行分析，研究物种之间的密码子偏好性模式。

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