de novo测序也叫从头测序，不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序。用生物信息学的分析方法对测读序列进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。随着新一代测序技术的飞速发展，大大降低了基因组测序的成本和时间，为研究新物种全基因组序列提供了一个崭新的研究平台。

采用Illumina第二代高通量测序平台和PacBio第三代测序结合的方法，对未知物种的个体进行基因组测序，Illumina能产生海量的数据，可为动植物基因组组装提供高覆盖度的数据, PacBio第三代测序平台能产生非常长的读长，能跨越基因组中高重复、高杂合等复杂区域,从而能得到非常好的基因组组装结果。从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究，将加深我们对物种的认识，在发掘重要的功能基因、培育优良新品种，加速分子育种进程及相关物种的各种研究提供可靠的基础。

技术路线：

数据分析：

1、 基因组组装

2、 基因组注释

   ·   重复序列分析与注释；

   ·   基因预测；

   ·   基因功能注释；

   ·    ncRNA注释。

3、 动植物比较基因组学与进化分析

   ·   基因家族分析；

   ·   物种系统发育树构建；

   ·   基因组共线性分析；

   ·   全基因组复制分析。

 4、基因组数据库网站的建立

参考文献：

1、Kim,et al.Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species. Nat Genet. 2014: 10.1038

2、Wang X,et al.The locust genome provides insight into swarm formation and long-distance flight.Nat Commun.2014;5:2957.

3、venkatesh B,et al.Elephant shark genome provides unique insights into gnathostome evolution.Nature. 2014;505(7482)

动植物基因组de novo测序价格

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