纯化的DNA在每个试剂盒的洗脱缓冲液100μL中洗脱,并使用Promega QuantiFluor dsDNA系统进行定量。通过使用纯化DNA的10X,100X和1000X稀释的16S细菌特异性引物进行实时PCR来分析来自两个试剂盒的纯化DNA的质量。...
他们使用mock群落,其中包含了数量相同的11种与人类关联的细菌。根据今年3月发表在《PLoS ONE》杂志上的一篇文章,研究人员分析了mock群落中的16S rRNA基因序列,发现六种DNA提取方法在观察到的物种丰度和预计的物种丰度之间都存在明显差异。3 换句话说,没有一种方法能准确代表mock群落的细菌多样性。 ...
氨氧化反应是硝化作用的第一步,也是全球氮循环中由微生物活动形成硝化盐的重要进程。Leininger[11]检测了3个气候区域12块原始和农业用地的土壤里编码氨单加氧酶(amoA)的一个亚基的基因丰度。采用反向转录定量PCR研究及无需克隆的焦磷酸测序技术对互补DNA测序,证实古细菌的氨氧化活性要远高于细菌,证实Crenarchaeota可能是土壤生态系统中最富有氨氧化活性的微生物。...
分子生态学技术在环境污染研究中的应用 2.1 污染环境微生物种群动态的分析 在微生物系统分析中,16SrRNA:DNA的比率是检测复杂的微生物种群特定成员代谢活动的有效参数.核酸可以通过以专一性和通用型探针分别与直接从微生物样品中分离的总核苷酸进行杂交,可获得相对于总16SrRNA的特定16SrRNA数量,其相对丰度可以用与专一性探针和通用型探针杂交的残余放射性强度之比来表示.在稳定的条件下...
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