应用计算机手段分析植物病原细菌Ra lston ia solanacea rum 的蛋白质序列

摘要: 应用SignalP 310,L ipoP和TargetP对植物病原细菌Ralstonia solanacearum 基因组中的3 440个ORFs (openreading frames)进行了信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明, 3 440个ORFs中有462个ORFs所编码蛋白质具有N - 端有信号肽序列,其中348个分泌类信号肽、100个信号肽具有RR - motif信号肽,14个脂蛋白类信号肽,未发现Prep ilin2like信号肽和Bacteriocin and Pheromone信号肽。在这462个具有可切割信号肽的分泌蛋白中,有8410%蛋白质为胞外分泌型( S型) , 1312%为线粒体分泌型(M型) ,另外有2. 8%为其它类型的分泌蛋白。通过L ipoP分析该菌的全基因组预测具有4种类型蛋白质,其中其中Sp I有425个,占1213%; Sp II有80 个,占213%; CYT有2 541 个,占7319%; TMH 有414 个,占1210%。比较了Ralstonia so2lanacearum 和Pseudom onas sy ringae pv. tom ato信号肽的长度及氨基酸的组成,发现这两种菌在这些方面存在这很大程度的相似性。本研究通过对Ralstoniasolanacearum 进行分泌蛋白和信号肽结构的分析,为将来功能基因组和分泌型外源蛋白的利用提供理论基础。