中国科学院有机氟化学重点实验室
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上海有机化学研究所一直将有机氟化学和含氟材料作为所的重要研究方向之一，在上海有机所二期创新的六大项目中，其中二项是有机氟化学和含氟材料的研究课题。同时，有机氟化学的研究已渗透到上海有机化学研究所的主要学科中（如：生命有机、有机合成和金属有机等）。根据中国科学院新时期的办院方针和学科布局，以及上海有机化学研究所有机氟化学的研究基础和队伍，中国科学院于2002年12月批准成立了“中国科学院上海有机化学研究所有机氟化学重点实验室”。实验室在2004年3月至5月的全国化学类国家重点实验室的评估中，被评为良好。
基础研究方面旨在发现新的有机氟化学反应和新的氟化试剂，合成具有新型结构和特种功能的含氟化合物和含氟功能材料，研究含氟活泼中间体和物理有机中的一些基本规律问题，促进有机化学和高分子科学的发展。
应用基础研究方面将通过探索一些新的氟化方法、含氟合成子以及新的氟化试剂，研究具有优异性能的含氟材料的开发及应用，并进一步发展可工业化的有机氟化学反应及合成方法，研制出具有自主知识产权的含氟化学品和功能材料，满足我国国民经济和国防建设的需求。
