杨芃原：Exploration of human chromosomes by biomass spectrometry
复旦大学化学系 杨芃原教授
2014年4月26日，首届全国质谱分析学术研讨会在北京西郊宾馆盛大开幕。来自复旦大学的杨芃原教授带来了题为《Exploration of human chromosomes by biomass spectrometry based proteomics with trans-omics》的报告。
杨教授首先给我们报告了1985年至2012年HPP历程，HPP鉴定的蛋白质已覆盖基因编码蛋白的50%；HPP已处于拐点，即将开始飞跃式发展；技术上已经突破。这些都说明下一代蛋白质组质谱技术已经成熟。随后杨教授介绍了离子阱相关技术，在13年推出的高性能质谱，它是Q离子阱，C离子阱和轨道离子阱三个技术的串联。在2006年，创新C-离子阱，R=6万；在2009年，改变轨道离子阱结构，R=14万；在2013年，轨道离子阱复数傅立叶变换技术，R=50万。
杨教授讲到色谱-质谱联用技术可以产生染色体蛋白质组的大数据时，中国以色谱-质谱为核心技术的蛋白质组学已经到了能够和基因组学一样产生可靠大数据的时代。
蛋白质组质谱大数据还揭示了蛋白组学的中心法则。杨教授给我们分析了蛋白质跨组学的定性信息；每种细胞表达RNA和蛋白的功能情况；组学的中心法则翻译和转录动态范围的比较。对于缺失基因的蛋白质，怎样找到缺失蛋白，可以从数据库中找线索。在胚胎、大脑、睾丸、小脑、和唾液腺等组织器官中由于很少有人研究，缺失蛋白很多未被发现。组织的特异性，仪器低灵敏度和蛋白的低分子量均能影响蛋白的被发现。比如1号染色体缺失的101条蛋白就与蛋白质检测技术限制相关。
最后杨教授报告了蛋白质组学大规模检测两个阶段的概要分析，肽段发现的总个数有助于蛋白的发现，但由于蛋白数的饱和质谱效率极差受到限制；分析所识别的蛋白和mRNA丰度的相关性，杨教授总结发现新蛋白必须要有新的策略。
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