刘小乐教授发布癌症综合分析法
理解肿瘤与免疫系统的相互作用，是发现预后指标、降低药物抗性和开发新药的关键。为此，哈佛大学的研究人员开发了一种能够综合性分析肿瘤免疫的计算方法。该方法可以对肿瘤浸润免疫细胞进行评估，帮助人们理解癌症中的肿瘤-免疫互作。这项研究于八月二十二日发表在Genome Biology杂志上，文章通讯作者是哈佛大学的刘小乐 (X. Shirley Liu)教授和刘军（Jun S. Liu）教授。
研究人员将自己的算法用于癌症基因组图谱TCGA的一万多个RNA-seq样本，涉及23种癌症。他们评估了不同肿瘤的免疫浸润水平，分析了肿瘤浸润免疫细胞的临床关联，还预测了新的治疗靶标。
研究显示，MAGEA3是黑色素瘤的潜在免疫靶标，但它不适用于非小细胞肺癌。在许多癌症中，SPAG5可以成为癌 症疫苗的靶标。研究还表明，根据CD8 T细胞的浸润情况，可以将高水平表达CTLA4的黑色素瘤分为两类。这些数据可以帮助人们开发出更有效的癌症疫苗和检验点阻断疗法。
刘小乐教授青年时代就读于天津南开中学, 1992 年考入北京大学生物系。1994 年转学到美国史密斯女子学院 (Smith College) 双修生物化学和计算机科学, 三年后以最高拉丁荣誉毕业 (Summa Cum Laude, 授予全校积分最高的 1% 的毕业生)。2002 年于斯坦福大学取得生物医学信息学博士和计算机科学辅修博士学位后, 被直接聘为哈佛大学终身制助理教授。她目前担任哈佛大学公共卫生学院生物统计与计算生物学系的终身正教授、Dana-Farber 肿瘤研究所功能性癌症表观遗传组学中心主任, 和同济大学生物信息学系教授并长江学者讲座教授。
刘小乐教授带领的研究小组最近在国际著名学术期刊上发表了多项研究成果。五月三十日在Nature Genetics杂志上发布了一种新的计算方法，该方法可以帮助人们用RNA-seq数据从头组装肿瘤浸润T细胞的CDR3序列。肿瘤浸润T细胞是从血液 进入肿瘤的淋巴细胞。肿瘤浸润T细胞大量存在，说明机体启动了对抗肿瘤的免疫反应。
高通量实验中的噪音和偏好使高维基因组数据分析成为了一项很大的挑战。刘小乐教授与和德克萨斯大学西南医学中心合作 对此进行了深入研究。他们开发了一种强大的计算方法——MANCIE，并将其发表在今年四月的Nature Communications杂志上。
刘小乐教授此前还在《NATURE REVIEWS GENETICS》上发表文章，探讨了NGS染色质分析出现偏好的常见原因、如何判断这些偏好、减少偏好对结论的影响。这篇综述以DNA为中心，总结了 NGS染色质分析中最重要的经验教训，提出了一些解决偏好的分析策略。
